Az ötödik nagyobb levéltári egységbe számos egyházi vonatkozású intézmény kívántunk elhelyezni. Ezek közül jelenleg a Levéltárban csupán csekély mennyiségű szerzetesrendi anyag található. Közülük az erdélyi piaristák anyaga Kolozsváron található, míg néhány másik rend előkerült töredék iratait a gyulafehérvári iratok rendezése során találtuk meg. Szerzetesrendekkel kapcsolatos iratok még elsősorban a Püspöki Levéltárban, de a Levéltár számos más fondjában találhatók. Az erdélyi ferencesek szándékuk szerint Csíksomlyón kívánják összegyűjteni az Erdélyben található ferences vonatkozású iratokat és így egy önálló ferences levéltárat létrehozni. Ennek megfelelően az eddigi gyűjtések során fellelt töredékes ferences provenienciájú iratokat ebben a repertóriumban nem ismertetjük, arra majd egy remélhetőleg megjelenő erdélyi ferences levéltári repertóriumban kerülhet sor.
Az Espereskerületi Levéltár az esperesek tevékenysége során felhalmozódott iratokat foglalja magába. Jelenleg ezek az anyagok a plébániákon találhatók, gyakran szétszórtan, mivel az esperesi megbízatás nem kötődött egy-egy plébániához, hanem az adott kerület bármely plébánosa elláthatta. Az egyes kerületek iratainak egyesítése, összegyűjtése még a jövő feladata számunkra, s a munka a plébániai levéltárak rendezésével párhuzamosan haladhat. Egyelőre sem az anyag terjedelméről, sem időhatárairól nem tudunk pontos adatokat szolgáltatni, a plébániai iratok rendezésével kapcsolatban eddig csupán három kerület: Géderlak, Homokmégy és Kalocsa iratai kerültek be levéltárunkba, viszonylag szerény mennyiségben.
Kalocsa-Kecskeméti FőegyházmegyeAz egyházmegyei levéltár harmadik nagyobb egysége a gazdasági levéltár, amelynek egyik részét a püspökség uradalmi iratai képezik, 1614-től kezdődő időhatárral. A másik részét már a dualizmus korában felállított Számvevői, később Gazdasági Hivatal megmaradt iratai alkotják. Az e fondcsoportba tartozó anyagok nagyon változó forrásértékűek. A rendezésnél alapvető szempontunk volt, hogy az óriási pusztulás után minden, látszólag legcsekélyebb értékű iratot is meg kell őrizni. A tulajdonos külön óhaja volt, hogy a 20. századi, forrásérték szempontjából jelentéktelennek tűnő anyagokat is őrizzük meg. Tekintettel arra, hogy az ilyen fondok, vagy állagok mennyisége nem túl jelentős elfogadtuk azt az álláspontot, hogy néhány ilyen iratsorozat kordokumentumként megtartható. A püspökségnek Alsó-Fehér megyében kiterjedt birtokai voltak, amelyek közé tartozott például Diód, Diómál, Herepe, Kisfalud, Magyarigen, Ponor, Remete, Sárd, Tótfalud, Poklos, Pojána, Gaurány, Metesd, Felsőgáld, Bendek, Táté, Drobár, Sóspatak, Csügöd, Strása és Dálya. A fennmaradt iratok társadalomtörténeti és gazdaságtörténeti szempontból egyaránt érdekes források és eddig valószínűleg ismeretlenek.
A fondcsoport a prímási birtokok gazdasági pénzügyi, erdészeti, stb. kezelése során létrejött iratokat tartalmazza, ide értve az említett jogbiztositó okmányokat, urbáriumokat, érseki nemesi széki jegyzőkönyveket, a jószágkormányzóság, jószágigazgatóság, főerdőhivatal, építési hivatal és számvevőség iratait.
Ezeket az 1780-as évek elején, Batthyány József prímás alatt választották el az egyházkormányzati iratoktól. Ekkor alkották meg pl. a gyökeres jogokra vonatkozó oklevelek, iratok gyűjteményét (Acta radicalia), más fontos jogbiztosító és birtokkezelési iratokat pedig kötet formáljuk alapján soroltak együvé (Acta protocollaria).