Az addig egységesen kezelt levéltárat Batthyány József prímás választotta ketté. Az egyház birtokaira és gazdasági ügyvitelére vonatkozó okleveleket és iratokat Archivum saeculare néven, Jelencsics, majd Dvornikovics levéltárosok munkájával külön rendeztette; ugyanakkor intézkedett az egyházkormányzati iratok rendezéséről is. A munkát 1779-ben udvari káplánjára, Stegner Istvánra bízta, s ennek nem sokára történt távozása után Fuchs Ferencnek, a későbbi egri érseknek adta.
Fuchs komoly előkészülettel látott a munkához. Egyik jelentésében írja, hogy – mint Andrássy Károly báró fiainak nevelője – rendezte az Andrássy család betléri levéltárát, majd tanulmányozta a magyar udvari kancellária és a helytartótanács levéltári rendszerét. Ezeknek az ismereteknek birtokéban végezte el a prímási egyházi levéltár rendezését 1781–1785-ben. 1786. december 30-án zárta le a rendezéshez és a levéltár további kezeléséhez készített útmutatóját: <i>Directorium et speculum pro manipulantibus Archivum Ecclesiasticu</i> címen. A primás életében a Fuchs megteremtette rendszert folytatták tovább. A későbbi iratokhoz további segédletek készültek, Jordányszky Elek levéltáros pedig az addigi lajstomkönyvek alapján a század végén összesítő elenchust is készített. (A rendezésre vonatkozó, iratok: Batthyány prímás iratai Prot. I, No. 818; Prot. III, Intr. No. 17, 18, 20.)
A prímás utasítáa értelmében Fuchs a helytartótanács irattári rendszerét vette alapul. Ennek „departamentumait” nyolc „kategóriával helyettesítette. Ezeken belül a helytartótanácsi iratok kisebb tárgyi csoportjait jelentő „fontes” megfelelői „numeri”, s az ottani „positiones” párhuzamai a „numeri subalterni”. A kategóriák megállapítása után Fuchs az egyházi levéltár iratait két részre osztotta. A Barkóczy prímás haláláig (1765) bezárólag terjedő iratok az Archivum vetus, a Batthyány érseksége alatt (1776-tól) keletkezett iratok az Archivum novum nevet kapták. A kategóriákat a „régi levéltárban a lehetőség szerint, az „újban” pedig többé-kevésbé következetesen alkalmazva, Fuchs ezek alapján rakta pontosabb rendbe az iratokat, és készítette el a lajstromkönyveket.
A Magyarországon működő piarista rendházak saját (tehát a rendházakból beszállított) teljes levéltárait és levéltártöredékeit tartalmazza. (Előbbieket a fondok címében a „levéltára”, utóbbiakat az „iratai” megnevezés jelzi.) A rendház (latinul domus vagy collegium) elsősorban a szerzetesi közösséget, nem pedig a lakóhelyéül szolgáló épületet jelenti. A teljes jogú piarista rendház vezetője a házfőnök (rector). (A nem teljes jogú latin neve residentia, elöljárója pedig superior volt.) A rendházi fondok általában a házfőnök által vezetett köteteket és az általa kezelt egyéb iratokat tartalmazzák
Plébániai levéltárak
A levéltár iratanyagának szerkezete híven tükrözi a káptalan egyes tevékenységi köreinek alakulását. Jelenkori állapotában magában foglalja a káptalan magánlevéltári iratanyagát, gazdasági és alapítványi iratait.
Sin títuloAz egyes plébániákon keletkezett maradandó értékű iratokat foglalja magában. Közülük a legfontosabbak az anyakönyvek, melyek családfakutásokhoz elengedhetetlen források. Helytörténeti kutatásokhoz fontos források a historia domusok, melyekből megismerhető a plébániák története.
Sin títuloAzokat az iratokat tartalmazza, melyeket a váci egyházmegyei papnevelő szeminárium, mint intézmény keletkeztetett, vagy oda érkezett és rendeltetésszerűen ott maradt.
Sin títuloAz egyházmegye egyes kerületeinek vezetői, az esperesek által keletkeztetett iratok. Ezek általában azon a plébánián maradtak, ahol az esperes egyben plébános volt. Az itt található fondok tehát az egyes plébániákról kerültek begyűjtésre.
A váci püspöki uradalom több tízezer holdas gazdaságának igazgatásával kapcsolatban keletkezett iratanyag.
Az egyházmegye elhunyt papjai után maradt magánjellegű, maradandó értékkel bíró iratok.
A levéltár által mesterségesen létrehozott gyűjtemények, mint mikrofilmtár, tervtár, fotótár, oklevéltár és az anyakönyvi másodpéldányok gyűjteménye.