A Gubernium Alapítványi Osztálya (Commissio in re Fundationum, Stiftungs Commission) az erdélyi római katolikus egyház legkülönbözőbb alapítványainak ügyeit intézte. Az előző kettőhöz hasonlóan jogutódja az Erdélyi Katolikus Státus lett, így jegyzőkönyveit és segédleteit annak levéltára őrzi.
Az Erdélyi Katolikus Státus működését, illetve az erdélyi katolikus egyházat a 17. századtól kezdve rendkívül sok magán illetve állami alapítvány és alap segítette. Apor István 17. század végi jelentős alapítványától kezdve nagyon sok egyházi és magán személy hagyott különböző összegeket egyházi intézmények segítése, ösztöndíjak utalványozása, vagy éppen szociális célok megvalósítására. A birtokokon kívül ezek az alapok és alapítványok biztosították az erdélyi katolikus egyház működésének anyagi alapját. Az alapok feletti kezelés jogát a kiegyezés után az Erdélyi Katolikus Státus vette át és az ezzel kapcsolatos iratokat alaponként csoportosítva helyeztük el a levéltárban.
A szokásos egyházi anyakönyvi másodpéldányokat hatalmas mennyiségben találjuk meg a püspöki (érseki) levéltárban. Méretüknél fogva ezeket csak speciális tárolókban lehetne elhelyezni. Ezek beszerzésére még nem volt anyagi lehetőség, ezért a másodpéldányok plébániánként betűrendbe rakva, csomókban találhatók a polcokon. Az alábbiakban a plébániák nevét, valamint az első és jelenleg utolsó anyakönyvek évhatárát adjuk meg, valamint közöljük a hiányzó évek adatait is. A felsorolást Bernád Rita készítette. Kutatása a fennálló egyházi jogszabályok szerint lehetséges.
Figyelemre méltó két darab eredeti fejedelemségkori oklevele 1625 és 1631 évekből, amelyek az atyhai unitáriusok és katolikusok ügyében keletkeztek a katolikusok javára. Ezt a két oklevelet 2009-ben restaurálták Gyulafehérváron. Említést érdemel, hogy fennmaradt egy 18. század végi–19. század eleji plébánianapló, a historia domusok elődje, amelyben részletes adatokat találunk az egyházközségre vonatkozólag: különböző (ingó- és ingatlan-) leltárak, számadások, okiratok másolatai, papi- és egyéb névjegyzékek, stb.
Atyhai római katolikus plébániaSzentszéki iratokból kiemelt magánlevelezése, mely egyenkénti átnézéssel kutatható.
Bánffy TeréziaAz 1824–1848 között keletkezett házassági iratok, az akkori gyakorlatból adódóan, a plébániai iktatott iratok között maradtak.
Baróti római katolikus plébánia-
Levelei 1780–1799.
-
Hozzá írt óda 1780 körül.
-
Vizitációk alkalmával mondott beszédei 1781–1787.
Az örmény katolikus gyűjtőlevéltárban található főesperességi iratanyagon belül kiemelkedő jelentőséggel bírnak a Protocoalele Scaunului Arhidiaconal az 1766–1835 közötti időszakból, amelyek a katolikus egyházi igazságszolgáltatás alsóbb szintű fórumainak helyi bizonyítékait képviselik.
Belső-Szolnoki főesperességBoga Alajos személyi iratai. Boga Alajos hivatalos levelei 1939–1945. Boga Alajos kéziratai: „Szent István és a székelyek”, „Krisztus feltámadt”, „A legnagyobb magyar”, „És az Ige testté lett”. Prédikációk.
Boga Alajos