A káptalan újkori történetének legfontosabb forrásai az 1697 és 1815 között lefolytatott hat vizitáció, melyek egyben a káptalan statútumait is tartalmazzák. Utóbbiakat külön általában nem adták ki, mindössze a Somogyi Lipót-féle maradt fenn önálló formában is.
A Felsőszopori Szily család töredékesen fennmaradt iratai.
A káptalanok a rendi országgyűlések alsótábláján képviseltethették magukat. Az erre vonatkozó iratokat valószínűleg külön kezelte a káptalan. Az állag az országgyűlési munkára vonatkozó vegyes iratok mellett beszédeket, tudósításokat, a kiadott törvényeket és rendeleteket, valamint az országgyűlési jegyzőkönyveket és irományokat tartalmazza.
-
Borsos-Golubics-féle misealapítvány az alsó-lendvai plébániák számára
-
Csődy-féle segélyalapítvány (1859-ben megszűnt)
-
Schilson-Spreng-féle alapítvány a salfai plébános és tanító, valamint a surányi kápolna javára
-
Bozoly-féle alapítvány szentmisékre, a mihályfai tanító és szegények javára
-
Lábos-féle Vát-szentkúti templom javára és miselapítvány
-
Farkas-féle alapítvány a zeli templom javára
-
Frauer-féle m ise alapítvány az őrségi lelkészeknek
-
Bálint-féle alapítvány az egyházasrádóci szegényeknek
-
Gyurtsenics-féle alapítvány a tömördi plébánia javára
-
Ficzkó-féle alapítvány a borházai (Péterhegy) szegények javára
-
Hoffmann-féle alapítvány abdalóci szegények javára és misealapítvány
Egy katolikus leányiskola alapítása érdekében Hidassy Kornél megyéspüspök hozott létre egy külön alapot, melyet 1895-ben a káptalan kezelésére bízott. A domonkos nővérek szombathelyi leányiskolája végül 1906-ban valósult meg.
Ebbe az állagba az alapítványokról vezetett vegyes pénztárkönyvek, vegyes számadások, valamint a Batthyány Károly-féle alap töredékes iratai kerültek.
Eölbey János (1759–1820) kanonok, nagyprépost néhány személyes irata mellett hagyatékával, valamint családjával kapcsolatos iratok, levelezések. A család birtokos volt Sében és Meszlenben, amelyről jórészt Eölbey Tamás és Antal révén maradt fenn négy csomónyi irat.
Kresznerits Ferenc (1766–1832) alsósági esperes-plébános 1817-ben tett családi ösztöndíjalapja. Rokon pályázó hiányában római katolikus gimnáziumban tanuló ifjak kaphatták az ösztöndíjat.
Egyike a két nagyobb, külön kezelt alapítványnak, melyet a Kelcz-Adelfíy Árvaház javára tettek. Török József (1773–1840) kanonok létesítette rokon fiúk neveltetésére.
Kelemen N. János és neje (Stegmüller Anna) 1910-ben tett alapítványa egyrészt a püspöki és a domonkos nővérek iskolájában tanulók, másrészt a két intézmény elöljárósága részére. István Vilmos püspök családi ösztöndíjalapja a szombathelyi domonkos zárdában nevelkedő rokon leányok számára. A két alapítványt az első években közösen kezelték.
Szenczy Ferenc (1800–1869) szombathelyi püspök végrendeletében vasvári házát és birtokát az ottani leányiskola alapítására hagyta. Az alap nővére halála után, 1889-ben létesült, addig ugyanis őt illette a haszonélvezeti jog.
Czuppon György-féle misealapítvány
Gáspár Ferenc-féle misealapítvány
Kovácsics József-féle misealapítvány
Szaniszló-Eberhard-féle misealapítvány
Joós István-féle misealapítvány
Özv. Festetits Dénesné (született Zichy Karolina) grófnő 1905-ben két alapítványt tett. A nagyobbikat az általa 1901-ben alapított és a Szent Kereszt Irgalmas Nővérekre bízott szentkirályi óvoda és női kézimunka iskola működése javára, a kisebbiket pedig egy szegény leánynak a szombathelyi zárdában való taníttatására. Németh Béla szombathelyi pénzügyi titkár és Széll János (1820–1909) nyugalmazott zalabéri plébános 1900-ban, illetve 1902-ben tett alapítványai a zalaegerszegi apácazárda javára.
Grosz Mihály (1807–1873) c. kanonok, felsőszilvágyi plébános 1873-ban tett ösztöndíjalapja két rokon fiú számára.
Köves Antal (1811–1886) kanonok által létesített családi ösztöndíjalap, melynek kamataiból két iskolai ösztöndíjat fedeztek rokon gyermekek számára.
Laky János (1776–1854) szombathelyi plébános 1849-ben tett családi ösztöndíjalapítványa. Kamatait egy rokon tanuló, annak hiányában pedig valamely a szombathelyi gimnáziumban tanuló vidéki ifjú élvezte.
Ege Miklós kőszegi ügyvéd 1884-ben tett alapítványa. Ennek kamatjövedelme eleinte özvegyét illette, majd annak 1913-as halálát követően lépett életbe az alap a Kőszegi, Felsőőri és Németújvári járás németajkú tanítói részére, valláskülönbség és az iskola jellegére való tekintet nélkül.
Eölbey János (1759–1820) nagyprépost és Kovacsics József (1792–1874) nyugalmazott csehimindszenti plébános szegényalapítványainak közösen vezetett számadása. Előbbit a székeskáptalan saját belátása szerint osztotta ki, utóbbi azon plébániák részére utalták ki, ahol Kovacsics élete során működött (Csehimindszent, Nárai, Nagykölked).
Gludovácz József kir. tanfelügyelő 1798-as végrendeletében tett szegényalapítványa, melyet Horváth Zsigmond 1808-ban egy jelentősebb összeggel megnövelt. Ettől kezdve az adományozás joga a Horváth családot illette (Szentgyörgy, Hegyfalu, Petőháza és Szenttamás földbirtokosai). A család az 1850-es években azonban tönkrement, és elvesztette befolyását az alapítványra, ezt követően a káptalan jelölte ki azokat, akik a kamatokat élvezték.
Krancsics József (1789–1853) kanonok 1852-ben tett két alapítványt. A nagyobbik egy családi ösztöndíjalap, a kisebbik pedig egy tanítóalap volt három Vas megyei római katolikus falusi iskolai tanítók részére.
Megyery Mátyás csázmai (ma: Horvátország) kanonok által 1831-ben tett családi ösztöndíjalapítvány. Amennyiben rokon tanuló nem jelentkezett, a káptalannak joga volt más, nem rokon tanulónak is odaadni az ösztöndíjat.