Ebbe az állagba az alapítványokról vezetett vegyes pénztárkönyvek, vegyes számadások, valamint a Batthyány Károly-féle alap töredékes iratai kerültek.
Egy katolikus leányiskola alapítása érdekében Hidassy Kornél megyéspüspök hozott létre egy külön alapot, melyet 1895-ben a káptalan kezelésére bízott. A domonkos nővérek szombathelyi leányiskolája végül 1906-ban valósult meg.
-
Borsos-Golubics-féle misealapítvány az alsó-lendvai plébániák számára
-
Csődy-féle segélyalapítvány (1859-ben megszűnt)
-
Schilson-Spreng-féle alapítvány a salfai plébános és tanító, valamint a surányi kápolna javára
-
Bozoly-féle alapítvány szentmisékre, a mihályfai tanító és szegények javára
-
Lábos-féle Vát-szentkúti templom javára és miselapítvány
-
Farkas-féle alapítvány a zeli templom javára
-
Frauer-féle m ise alapítvány az őrségi lelkészeknek
-
Bálint-féle alapítvány az egyházasrádóci szegényeknek
-
Gyurtsenics-féle alapítvány a tömördi plébánia javára
-
Ficzkó-féle alapítvány a borházai (Péterhegy) szegények javára
-
Hoffmann-féle alapítvány abdalóci szegények javára és misealapítvány
Czuppon György-féle misealapítvány
Gáspár Ferenc-féle misealapítvány
Kovácsics József-féle misealapítvány
Szaniszló-Eberhard-féle misealapítvány
Joós István-féle misealapítvány
Boross István nagyprépost alapítványa a gasztonyi tanítók javára
Festetich Rezső alapítványa a csehimindszenti iskolás gyerekek javára
Feszl Mihály alapítványa a lödősi iskolás gyerekek javára
Németh János felsőoszkói plébános alapítványa az ottani iskolamester javára
Varga János győri kanonok 1851-es végrendeletében létrehozott alapítványa vasvári szegények (elsősorban özvegyek és tűzkárosultak) segélyezésére, valamint gyermekeik taníttatására az ottani elemi iskolában. Emellett nővérei, Varga Erzsébet és Varga Judit fiainak taníttatását is ebből az alapból kellett fedezni.
Egyike a két nagyobb, külön kezelt alapítványnak, melyet a Kelcz-Adelfíy Árvaház javára tettek. Török József (1773–1840) kanonok létesítette rokon fiúk neveltetésére.
Dr. Tauber Sándor (1868–1935) kanonok 1921-ben alapított segélyalapja egyházmegyei szegény sorsú áldozópapok részére.
Szenczy Ferenc (1800–1869) szombathelyi püspök végrendeletében vasvári házát és birtokát az ottani leányiskola alapítására hagyta. Az alap nővére halála után, 1889-ben létesült, addig ugyanis őt illette a haszonélvezeti jog.
Séllyey Terézia lórántházai birtokos által tett alapítvány, melynek jövedelmeit az alapítványi birtok adta. Célja egyrészt a Tófej-Lórántházai plébánia felállítása és egy templom építése volt (ezek 1933-ban valósultak meg), valamint a fenntartásból fennmaradó részből egy árvaház felállítása.
Megyery Mátyás csázmai (ma: Horvátország) kanonok által 1831-ben tett családi ösztöndíjalapítvány. Amennyiben rokon tanuló nem jelentkezett, a káptalannak joga volt más, nem rokon tanulónak is odaadni az ösztöndíjat.
Laky János (1776–1854) szombathelyi plébános 1849-ben tett családi ösztöndíjalapítványa. Kamatait egy rokon tanuló, annak hiányában pedig valamely a szombathelyi gimnáziumban tanuló vidéki ifjú élvezte.
Kresznerits Ferenc (1766–1832) alsósági esperes-plébános 1817-ben tett családi ösztöndíjalapja. Rokon pályázó hiányában római katolikus gimnáziumban tanuló ifjak kaphatták az ösztöndíjat.
Az állag a Moson vármegyében található felső-illmitzi birtokra vonatkozó leveleket, instantiákat és néhány összeírást tartalmaz, melyeket valószínűleg a káptalan külön kezelt.
Krancsics József (1789–1853) kanonok 1852-ben tett két alapítványt. A nagyobbik egy családi ösztöndíjalap, a kisebbik pedig egy tanítóalap volt három Vas megyei római katolikus falusi iskolai tanítók részére.
A gyűjteményes állagba kisebb pénztárak számadásai mellett vegyes birtokiratok, valamint a káptalan kezelése alatt álló különféle pénztárak és alapítványok (káptalani, intézményi, egyházmegyei és magán) közösen vezetett pénzügyi naplói, adósságjegyzékei kerültek.
Elsősorban a káptalan birtokaival kapcsolatos pereket, köztük az úrbéri pereket tartalmazza. A jegyzőkönyvek mellett a perekhez és különböző jogi ügyekhez kapcsolódó jelentős számú levél és irat is fennmaradt, ezek szétválasztása és darabszintű rendezése azonban még várat magára. A 18. századi pereket tartalmazó köteteket a Ladula elenchusaiba is bejegyezték.
Ezen állagba a káptalan épületeire vonatkozó, elsősorban 20. századi iratok kerültek. Emellett két régebbi kanonoki ház építésének számadásait is itt helyeztük el. Az állagban nem pusztán a szombathelyi kanonoki házakra, hanem az egyes birtokok épületeire vonatkozóan is találhatók iratok.
Köves Antal (1811–1886) kanonok által létesített családi ösztöndíjalap, melynek kamataiból két iskolai ösztöndíjat fedeztek rokon gyermekek számára.
Az állagban elsősorban a kanonokok töredékesen fennmaradt kinevezési iratai, valamint számos apáti, tanári kinevezés, illetve doktori oklevél található.
Az állagba az egyes püspökök, kanonokok, plébánosok, valamint néhány világi személy hagyatéki iratai kerültek.
Kelemen N. János és neje (Stegmüller Anna) 1910-ben tett alapítványa egyrészt a püspöki és a domonkos nővérek iskolájában tanulók, másrészt a két intézmény elöljárósága részére. István Vilmos püspök családi ösztöndíjalapja a szombathelyi domonkos zárdában nevelkedő rokon leányok számára. A két alapítványt az első években közösen kezelték.
II. József 1786-ban rendelte el az országban a földek pontos felmérését és jövedelmeik összeírását, mely a nemesi adóztatás tervezett bevezetésének első lépése volt. A káptalan uradalmai közül a lipárti felmérése valószínűleg már nem készült el.
A székeskáptalan a századfordulón több plébánia kegyúri terheinek megváltására letett összeget is kezelt. Eredetileg hét ilyen plébánia volt (Alszószölnök, Felsőszölnök, Kőszegszerdahely, Péterhegy, Pinkamindszent, Szőce és Vízlendva), azonban nem mindegyik iratanyaga maradt fenn. 1916-ban püspöki határozatra a káptalan az összegeket kiadta az illetékes plébániáknak.
Grosz Mihály (1807–1873) c. kanonok, felsőszilvágyi plébános 1873-ban tett ösztöndíjalapja két rokon fiú számára.
A káptalanok a rendi országgyűlések alsótábláján képviseltethették magukat. Az erre vonatkozó iratokat valószínűleg külön kezelte a káptalan. Az állag az országgyűlési munkára vonatkozó vegyes iratok mellett beszédeket, tudósításokat, a kiadott törvényeket és rendeleteket, valamint az országgyűlési jegyzőkönyveket és irományokat tartalmazza.
A káptalan újkori történetének legfontosabb forrásai az 1697 és 1815 között lefolytatott hat vizitáció, melyek egyben a káptalan statútumait is tartalmazzák. Utóbbiakat külön általában nem adták ki, mindössze a Somogyi Lipót-féle maradt fenn önálló formában is.
A Szent Imre Egyletet 1872-ben hozták létre, mint papi nyugdíjintézetet. A régi nyugdíjalaphoz való viszonya sokáig nem volt tisztázva, idővel jelentőségében túl is nőtt rajta. A kettő egymáshoz való viszonyát végül az 1927-es Egyházmegyei Zsinat rendezte. Eszerint a papi nyugdíjat az Egyházmegyei Nyugdíjintézet szolgáltatta, melyet az egyesület csak kiegészített.
Gludovácz József kir. tanfelügyelő 1798-as végrendeletében tett szegényalapítványa, melyet Horváth Zsigmond 1808-ban egy jelentősebb összeggel megnövelt. Ettől kezdve az adományozás joga a Horváth családot illette (Szentgyörgy, Hegyfalu, Petőháza és Szenttamás földbirtokosai). A család az 1850-es években azonban tönkrement, és elvesztette befolyását az alapítványra, ezt követően a káptalan jelölte ki azokat, akik a kamatokat élvezték.
Az állag nagyobb részt (de nem kizárólag) a káptalan birtokain élők különféle kérvényeit tartalmazza. Három esetben az instantiákat külön gyűjtöttük: az illmitzi birtokkal, a szemináriumi birtokokkal és a Kelcz-Adelffy Árvaházzal kapcsolatos kérvények a megfelelő intézményi állagokba kerültek.
Az Egyházmegyei Szegényalapot 1913-ban hozta létre Mikes János megyéspüspök az 1910-ben elhunyt Horváth Károly c. apát, zalaegereszegi esperes-plébános szegényharmadából. A kezelést a káptalanra bízta, de az utalványozást a püspök magának tartotta fenn. Az alap később több hagyatékkal, valamint 1927-től az Egyházmegyei Zsinati Törvénykönyv rendelkezése nyomán a végrendelet nélkül elhalt papok szegényharmadával gyarapodott.
A Szombathelyi Egyházmegyei Nyomdát 1895-ben alapították, elsősorban azzal a céllal, hogy be tudják indítani az egyházmegye politikai lapját, a Szombathelyi Újságot. Mindkettő pénzügyi felügyeletét a káptalan látta el, a fennmaradt számadások azonban rendkívül töredékesek.
Özv. Festetits Dénesné (született Zichy Karolina) grófnő 1905-ben két alapítványt tett. A nagyobbikat az általa 1901-ben alapított és a Szent Kereszt Irgalmas Nővérekre bízott szentkirályi óvoda és női kézimunka iskola működése javára, a kisebbiket pedig egy szegény leánynak a szombathelyi zárdában való taníttatására. Németh Béla szombathelyi pénzügyi titkár és Széll János (1820–1909) nyugalmazott zalabéri plébános 1900-ban, illetve 1902-ben tett alapítványai a zalaegerszegi apácazárda javára.
Az Egyházmegyei Nyugdíjalap (később Egyházmegyei Nyugdíjintézet) biztosította eredetileg a munkaképtelenné vált papok ellátását. Vagyonát a káptalan kezelte, mely négy részből állt: az alaptőke mellett állami segély, a szeminárium nyúli birtokának fölös jövedelme, a papok hagyománya és egyéb adományok. Minden papnak végrendeletileg kötelezően hozzá kellett járulnia az alaphoz. Az első világháború utáni zavaros pénzügyi helyzetben jövedelmét azonban lényegében csak ez utóbbi tette ki, ráadásul ezt is a Szent Imre egylethez utalták. A nyugdíjügyet végül 1927-ben az Egyházmegyei Zsinati Törvénykönyv rendezte. Eszerint a nyugdíjat az Egyházmegyei Nyugdíjintézet szolgáltatta, melyet csak kiegészített a Szent Imre-egylet.