A káptalanok a rendi országgyűlések alsótábláján képviseltethették magukat. Az erre vonatkozó iratokat valószínűleg külön kezelte a káptalan. Az állag az országgyűlési munkára vonatkozó vegyes iratok mellett beszédeket, tudósításokat, a kiadott törvényeket és rendeleteket, valamint az országgyűlési jegyzőkönyveket és irományokat tartalmazza.
Elsősorban a káptalan birtokaival kapcsolatos pereket, köztük az úrbéri pereket tartalmazza. A jegyzőkönyvek mellett a perekhez és különböző jogi ügyekhez kapcsolódó jelentős számú levél és irat is fennmaradt, ezek szétválasztása és darabszintű rendezése azonban még várat magára. A 18. századi pereket tartalmazó köteteket a Ladula elenchusaiba is bejegyezték.
Az állag a Moson vármegyében található felső-illmitzi birtokra vonatkozó leveleket, instantiákat és néhány összeírást tartalmaz, melyeket valószínűleg a káptalan külön kezelt.
Az állagba az egyes püspökök, kanonokok, plébánosok, valamint néhány világi személy hagyatéki iratai kerültek.
Benők Mihály erdélyi kancelláriai tanácsos 1775. évi végrendeletében két alapítványt hozott létre. Az egyiket katolikus vallástú, jó magaviseletű rokon (azok hiányában más nemes származású katolikus) gyermek taníttatására, míg a másikat szegények segélyezésére. Az alapítványok kezelése és az adományozás joga a szombathelyi káptalant illette.
Brenner (V.) János építész (1847–1908) családi ösztöndíjalapja. Amennyiben nem volt rokon gyermek, valamely szombathelyi középfokú iskolába járó római katolikus gyermek is megkaphatta az ösztöndíjat.
A káptalan újkori történetének legfontosabb forrásai az 1697 és 1815 között lefolytatott hat vizitáció, melyek egyben a káptalan statútumait is tartalmazzák. Utóbbiakat külön általában nem adták ki, mindössze a Somogyi Lipót-féle maradt fenn önálló formában is.
Egyike a két nagyobb, külön kezelt alapítványnak, melyet a Kelcz-Adelffy Árvaház javára tettek. Czuppon György (1755–1820) kanonok 1819-ben létesítette rokon tanulók neveltetésére.
A nyugdíjas papoknak az egyházmegye alapításakor nem állt rendelkezésre külön intézet, így a szeminárium épületében kaptak helyet. A deficientia saját épülete Somogy Lipót püspök alatt, 1810-ben készült el, mely ugyan az Egyházmegyei Nyugdíjalap (később Nyugdíjintézet) tulajdonát képezte, de vagyonát külön kezelte a káptalan egyik tagja, aki egyben a háznak a gondnoka is volt.
Ege Miklós kőszegi ügyvéd 1884-ben tett alapítványa. Ennek kamatjövedelme eleinte özvegyét illette, majd annak 1913-as halálát követően lépett életbe az alap a Kőszegi, Felsőőri és Németújvári járás németajkú tanítói részére, valláskülönbség és az iskola jellegére való tekintet nélkül.
Az Egyházmegyei Alap létesítésének pontos dátuma nem ismert, annak kialakulása valószínűleg a Helytartótanács egy 1822-es rendeletéhez köthető, mely előírta, hogy a végrendelet nélkül elhalt egyházmegyei papok egyházi harmadának kétharmad részéből egy alapot kell létrehozni az egyházmegye személyi és dologi szükségleteinek fedezésére. A Szombathelyi Egyházmegyei Alapot az első években elsősorban személyi jellegű kiadások terhelték, ezeket azonban később átvették a különböző papi segélyalapok. Ezt követően a dologi kiadások kerültek előtérbe és elsősorban a kegyúr nélküli plébániák segélyezését végezte, mely az Eötvös-féle népiskolai törvényt követően az iskolák segélyezésével egészült ki. Ezen állagban található a Szűkölködő Káplánok Segélyalapja is (Fundus Curatorum Egenorum'), melyet Bőle And-rás ajánlásával hoztak létre az alesperesi kerületek hozzájárulásával 1827-ben. Az első években még külön vezették a számadást, majd 1836-tól közösen az Egyházmegyei Alappal. A segélyalap 1859-ben megszűnt és beolvadt a Szűkölködő Papok Alapjába.
A Szombathelyi Egyházmegyei Nyomdát 1895-ben alapították, elsősorban azzal a céllal, hogy be tudják indítani az egyházmegye politikai lapját, a Szombathelyi Újságot. Mindkettő pénzügyi felügyeletét a káptalan látta el, a fennmaradt számadások azonban rendkívül töredékesek.
Az Egyházmegyei Nyugdíjalap (később Egyházmegyei Nyugdíjintézet) biztosította eredetileg a munkaképtelenné vált papok ellátását. Vagyonát a káptalan kezelte, mely négy részből állt: az alaptőke mellett állami segély, a szeminárium nyúli birtokának fölös jövedelme, a papok hagyománya és egyéb adományok. Minden papnak végrendeletileg kötelezően hozzá kellett járulnia az alaphoz. Az első világháború utáni zavaros pénzügyi helyzetben jövedelmét azonban lényegében csak ez utóbbi tette ki, ráadásul ezt is a Szent Imre egylethez utalták. A nyugdíjügyet végül 1927-ben az Egyházmegyei Zsinati Törvénykönyv rendezte. Eszerint a nyugdíjat az Egyházmegyei Nyugdíjintézet szolgáltatta, melyet csak kiegészített a Szent Imre-egylet.
Az Egyházmegyei Segélyalap 1866-ban jött létre az Egyházmegyei Alapból, feladata az egyházmegyei papság vagy valamely más alap segélyezése volt. 1900-ban a szeminárium tartalékalapjából egy jelentősebb összeget kiszakítottak, és átadtak a Segélyalapnak, melynek legnagyobb részét azonban a püspöki elemi iskola segélyezésére kellett fordítani. Ezt a részt az iskolával együtt 1921-ben átadták a Szombathelyi Egyházközségnek.
Az Egyházmegyei Szegényalapot 1913-ban hozta létre Mikes János megyéspüspök az 1910-ben elhunyt Horváth Károly c. apát, zalaegereszegi esperes-plébános szegényharmadából. A kezelést a káptalanra bízta, de az utalványozást a püspök magának tartotta fenn. Az alap később több hagyatékkal, valamint 1927-től az Egyházmegyei Zsinati Törvénykönyv rendelkezése nyomán a végrendelet nélkül elhalt papok szegényharmadával gyarapodott.
Eölbey János (1759–1820) kanonok, nagyprépost néhány személyes irata mellett hagyatékával, valamint családjával kapcsolatos iratok, levelezések. A család birtokos volt Sében és Meszlenben, amelyről jórészt Eölbey Tamás és Antal révén maradt fenn négy csomónyi irat.
Eölbey János (1759–1820) nagyprépost és Kovacsics József (1792–1874) nyugalmazott csehimindszenti plébános szegényalapítványainak közösen vezetett számadása. Előbbit a székeskáptalan saját belátása szerint osztotta ki, utóbbi azon plébániák részére utalták ki, ahol Kovacsics élete során működött (Csehimindszent, Nárai, Nagykölked).
Özv. Festetits Dénesné (született Zichy Karolina) grófnő 1905-ben két alapítványt tett. A nagyobbikat az általa 1901-ben alapított és a Szent Kereszt Irgalmas Nővérekre bízott szentkirályi óvoda és női kézimunka iskola működése javára, a kisebbiket pedig egy szegény leánynak a szombathelyi zárdában való taníttatására. Németh Béla szombathelyi pénzügyi titkár és Széll János (1820–1909) nyugalmazott zalabéri plébános 1900-ban, illetve 1902-ben tett alapítványai a zalaegerszegi apácazárda javára.
Gludovácz József kir. tanfelügyelő 1798-as végrendeletében tett szegényalapítványa, melyet Horváth Zsigmond 1808-ban egy jelentősebb összeggel megnövelt. Ettől kezdve az adományozás joga a Horváth családot illette (Szentgyörgy, Hegyfalu, Petőháza és Szenttamás földbirtokosai). A család az 1850-es években azonban tönkrement, és elvesztette befolyását az alapítványra, ezt követően a káptalan jelölte ki azokat, akik a kamatokat élvezték.
Grosz Mihály (1807–1873) c. kanonok, felsőszilvágyi plébános 1873-ban tett ösztöndíjalapja két rokon fiú számára.
A káptalan hivatalos iratainak kezelése az 1850-es évektől jelentős változásokon ment keresztül. Az ügyiratok kezdetben a káptalani ülések jegyzőkönyvi tételeihez tartoztak, az 1870-es évek közepétől azonban a jegyzőkönyvbe mind kevesebb ügyet vezettek be és az 1880-as évekre évi néhány darabra csökkent. Ezzel párhuzamosan az iratok önálló iktatószámot kaptak, bár továbbra is jellemző maradt a tematikus alapú elhelyezés (például a püspöki törzsvagyonra, a Benők alapítványra vagy a szemináriumi birtokokra vonatkozó hivatalos iratokat is külön kezelték). Iktatókönyv azonban csak az 1890-es évek elejétől kezdve alakult ki fokozatosan a jegyzőkönyvből, s 1895-től elsősorban már ekként funkcionált.
II. József 1786-ban rendelte el az országban a földek pontos felmérését és jövedelmeik összeírását, mely a nemesi adóztatás tervezett bevezetésének első lépése volt. A káptalan uradalmai közül a lipárti felmérése valószínűleg már nem készült el.
Az állag nagyobb részt (de nem kizárólag) a káptalan birtokain élők különféle kérvényeit tartalmazza. Három esetben az instantiákat külön gyűjtöttük: az illmitzi birtokkal, a szemináriumi birtokokkal és a Kelcz-Adelffy Árvaházzal kapcsolatos kérvények a megfelelő intézményi állagokba kerültek.
Ezen állagba a káptalan épületeire vonatkozó, elsősorban 20. századi iratok kerültek. Emellett két régebbi kanonoki ház építésének számadásait is itt helyeztük el. Az állagban nem pusztán a szombathelyi kanonoki házakra, hanem az egyes birtokok épületeire vonatkozóan is találhatók iratok.
Az 1741-ben alapított kőszegi árvaházból kinőtt híres Kelcz-Adelffy árvaház majd fiúnevelő intézethez a káptalan elsősorban annak alapítványai révén kapcsolódott, melyek az intézet vagyonállagát képezték. Később azonban fokozatosan minden anyagi dolog a káptalan hatáskörébe került. Az első ilyen, a káptalan kezelésébe kerülő nagy alapítványt Adelffy Antal, a dunántúli kerületi tábla elnöke tette 1771-ben, melyet Kelcz Imre győri kanonok alapítványa követett 1792-ben. A káptalani felügyeletet egy kanonok végezte, aki egyben az intézet kormányzója is volt. Az első kormányzó 1775-ben még Kelcz Imre győri kanonok volt, akit Zichy Ferenc győri püspök nevezett ki az intézet élére. Kelczet követően a gyakorlat annyiban módosult, hogy a Szombathelyi egyházmegye 1777-es megalakulását követően a Vasvár-Szombathelyi Székeskáptalan egyik tagja vette át ezt a szerepet. A felügyelet jellegéből adódóan az állag elsősorban gazdasági jellegű iratokat tartalmaz, emellett azonban különböző (jórészt felvételi) kérvények, régi iratok, valamint Kelcz Imre, Adelffy Antal és Ferenczy Antal után maradt iratok maradtak fenn.
Kelemen N. János és neje (Stegmüller Anna) 1910-ben tett alapítványa egyrészt a püspöki és a domonkos nővérek iskolájában tanulók, másrészt a két intézmény elöljárósága részére. István Vilmos püspök családi ösztöndíjalapja a szombathelyi domonkos zárdában nevelkedő rokon leányok számára. A két alapítványt az első években közösen kezelték.
Az állagban elsősorban a kanonokok töredékesen fennmaradt kinevezési iratai, valamint számos apáti, tanári kinevezés, illetve doktori oklevél található.
-
Borsos-Golubics-féle misealapítvány az alsó-lendvai plébániák számára
-
Csődy-féle segélyalapítvány (1859-ben megszűnt)
-
Schilson-Spreng-féle alapítvány a salfai plébános és tanító, valamint a surányi kápolna javára
-
Bozoly-féle alapítvány szentmisékre, a mihályfai tanító és szegények javára
-
Lábos-féle Vát-szentkúti templom javára és miselapítvány
-
Farkas-féle alapítvány a zeli templom javára
-
Frauer-féle m ise alapítvány az őrségi lelkészeknek
-
Bálint-féle alapítvány az egyházasrádóci szegényeknek
-
Gyurtsenics-féle alapítvány a tömördi plébánia javára
-
Ficzkó-féle alapítvány a borházai (Péterhegy) szegények javára
-
Hoffmann-féle alapítvány abdalóci szegények javára és misealapítvány
Köves Antal (1811–1886) kanonok által létesített családi ösztöndíjalap, melynek kamataiból két iskolai ösztöndíjat fedeztek rokon gyermekek számára.
Krancsics József (1789–1853) kanonok 1852-ben tett két alapítványt. A nagyobbik egy családi ösztöndíjalap, a kisebbik pedig egy tanítóalap volt három Vas megyei római katolikus falusi iskolai tanítók részére.
Kresznerits Ferenc (1766–1832) alsósági esperes-plébános 1817-ben tett családi ösztöndíjalapja. Rokon pályázó hiányában római katolikus gimnáziumban tanuló ifjak kaphatták az ösztöndíjat.