A gyűjteményes állagba kisebb pénztárak számadásai mellett vegyes birtokiratok, valamint a káptalan kezelése alatt álló különféle pénztárak és alapítványok (káptalani, intézményi, egyházmegyei és magán) közösen vezetett pénzügyi naplói, adósságjegyzékei kerültek.
Ebbe az állagba az alapítványokról vezetett vegyes pénztárkönyvek, vegyes számadások, valamint a Batthyány Károly-féle alap töredékes iratai kerültek.
Varga János győri kanonok 1851-es végrendeletében létrehozott alapítványa vasvári szegények (elsősorban özvegyek és tűzkárosultak) segélyezésére, valamint gyermekeik taníttatására az ottani elemi iskolában. Emellett nővérei, Varga Erzsébet és Varga Judit fiainak taníttatását is ebből az alapból kellett fedezni.
Egyike a két nagyobb, külön kezelt alapítványnak, melyet a Kelcz-Adelfíy Árvaház javára tettek. Török József (1773–1840) kanonok létesítette rokon fiúk neveltetésére.
Dr. Tauber Sándor (1868–1935) kanonok 1921-ben alapított segélyalapja egyházmegyei szegény sorsú áldozópapok részére.
A Káptalani Tartalékalapot 1872-ben hozták létre a nagyprépost jövedelmének negyedéből. A tartalékalapból templomokat, iskolákat (elsősorban a szombathelyi püspöki elemi iskolát) segélyeztek, illetve egyéb közcélra fordították. A háború utáni gazdasági problémák miatt jövedelme megcsappant, 1927-től pedig az alap névlegessé vált, 1936-ban meg is szűnt. A kifizetéseket ezután a dekanális pénztárból fedezték.
A Szűkölködő Papok Alapjának (Fundus Parochorum Egenorum) története az egyházmegye alapítása előtti évekre nyúlik vissza. Széchényi György esztergomi érsek, a korábbi győri püspök a Győri Egyházmegye részére hozott létre egy papi segélyalapot, melynek harmadát a Szombathelyi egyházmegye megalapítását követően kiszakították, és hasonló rendeltetéssel az új egyházmegyének adtak át. Az alapot a káptalan kezelte, de a segélyutalványozás joga a püspököt illette. Szenczy Ferenc püspök kezdeményezésére az alap 1859-ben megszűnt, pontosabban egyesült a Szűkölködő Káplánok Segélyalapjával, a Csődy-féle segélyalappal és a Kemenesaljái Alesperesi kerület gyűjteményével. Az alap végül 1872-ben szűnt meg, vagyona a Szent Imre Egyesülethez került.
Egy katolikus leányiskola alapítása érdekében Hidassy Kornél megyéspüspök hozott létre egy külön alapot, melyet 1895-ben a káptalan kezelésére bízott. A domonkos nővérek szombathelyi leányiskolája végül 1906-ban valósult meg.
A Felsőszopori Szily család töredékesen fennmaradt iratai.
A Szent Imre Egyletet 1872-ben hozták létre, mint papi nyugdíjintézetet. A régi nyugdíjalaphoz való viszonya sokáig nem volt tisztázva, idővel jelentőségében túl is nőtt rajta. A kettő egymáshoz való viszonyát végül az 1927-es Egyházmegyei Zsinat rendezte. Eszerint a papi nyugdíjat az Egyházmegyei Nyugdíjintézet szolgáltatta, melyet az egyesület csak kiegészített.
Szenczy Ferenc (1800–1869) szombathelyi püspök végrendeletében vasvári házát és birtokát az ottani leányiskola alapítására hagyta. Az alap nővére halála után, 1889-ben létesült, addig ugyanis őt illette a haszonélvezeti jog.
Szily János már 1777-ben elérte, hogy Szombathelyen hozzanak létre egy külön papnevelő intézetet, melynek épülete 1780-ban el is készült, igaz II. József központosító politikája miatt 1783 és 1790 között szünetelt a működése. A szeminárium fenntartására Mária Terézia a Győr vármegyei Nyúl, valamint a Veszprém vármegyei Gecse és Vanyola birtokokat adományozta, melyek kezelője a püspök felügyelete alatt a káptalan volt. A törzsvagyon mellett szintén a káptalan kezelte a különböző alapokat is. A pénzügyi-gazdasági felügyeletet ellátó kanonok egyben a szeminárium rektora is volt, melynek köszönhetően a káptalan a szeminárium belső életében is meghatározó szerephez jutott. Ezt a közel másfél évszázados gyakorlatot Mikes János megyéspüspök az 1917-es új egyházi törvénykönyvre hivatkozva 1919-ben megszüntette: mindennemű gazdasági felügyeletet egy oeconomusra bízott, akinek vagyonkezelését egy gazdasági bizottság felügyelte. Ezzel a káptalan minden további felelőssége és joga megszűnt a szeminárium életében, s később is csak annyit tudott elérni Mikes lemondását követően Grősz Józsefnél, hogy a gazdasági felügyelőbizottság tagjai között ismét legyen egy káptalani tag. A régi gyakorlatot Grősz azonban csak abban az esetben lett volna hajlandó visszaállítani, ha a rektornak kinevezett kanonok az Egyházmegyei Zsinati Törvénykönyv rendelkezése szerint bent lakik a szemináriumban. Ezt azonban egyik káptalani tag sem tudta vállalni. Kompromisszumként az a döntés született, hogy a püspök a legközelebbi kanonoki üresedéskor az új rektort, Géfin Gyulát javasolja majd a Szentszéknél.
A szombathelyi székesegyház a püspökség kegyurasága alatt állt, így az épület fenntartása is a püspöki javadalmat terhelte. Az itt tartott istentiszteletek szükségleteit azonban úgy oldották meg, hogy a szeminárium nyúli uradalmának jövedelméből évi 1200 forintot kiszakítottak. Az így létrejövő törzsvagyont a káptalan kezelte, mely a későbbiekben jelentősen növekedett, elsősorban hagyatékok révén. A székesegyházi zenekar alkalmazottait három jövedelmi forrásból fizették: a muzsikus földek jövedelméből, a püspökség és a káptalan évi hozzájárulásából, valamint a zenekaralapból. Utóbbi számadásait, valamint Lipovics István olvasókanonok által 1875-ben ennek segélyezésére hagyományozott összeget a káptalan kezelte.
Séllyey Terézia lórántházai birtokos által tett alapítvány, melynek jövedelmeit az alapítványi birtok adta. Célja egyrészt a Tófej-Lórántházai plébánia felállítása és egy templom építése volt (ezek 1933-ban valósultak meg), valamint a fenntartásból fennmaradó részből egy árvaház felállítása.
A magyar gyakorlat szerint a káptalan feladata volt a püspöki törzsvagyon kezelése. Ennek ellenére az erre vonatkozó iratok csak a kiegyezését követő időszakból maradtak fenn egészen 1924-ig, amikor a püspökség vette át a kezelést.
A régi katolikus városi elemi iskola 1869-es községesítését követően 1872-ben az egyházmegye egy új elemit állított fel. Az iskola törzsvagyonát a káptalan kezelte, egészen 1921-ig, mikor a fenntartást az újonnan megalakuló Szombathelyi Egyházközség vette át.
A káptalani ülések jegyzőkönyvei közül az első fennmaradt kötet az 1755 és 1799 közötti időszakot öleli fel, melyet a második csak 1855-től követ. A kettő közötti 55 évből mindössze néhány másolat áll rendelkezésre. Sajátos körülmény, hogy a káptalan 1855-től vezetett jegyzőkönyve alakult át fokozatosan a hivatalos iratok iktatókönyvévé és 1895-től kezdődően elsősorban már ekként funkcionált. A káptalani ülések fontosabb határozatait azonban továbbra is ide vezették be, mely módszert a későbbi köteteknél is megtartottak. A kettő (iktatókönyv és ülések jegyzőkönyve) csak 1933-tól vált külön. Az ülésekhez és az iktatókönyvekhez készült két mutató is.
A székeskáptalan a századfordulón több plébánia kegyúri terheinek megváltására letett összeget is kezelt. Eredetileg hét ilyen plébánia volt (Alszószölnök, Felsőszölnök, Kőszegszerdahely, Péterhegy, Pinkamindszent, Szőce és Vízlendva), azonban nem mindegyik iratanyaga maradt fenn. 1916-ban püspöki határozatra a káptalan az összegeket kiadta az illetékes plébániáknak.
A káptalan a hiteleshelyi tevékenységből fakadó pénzügyeket külön kasszában kezelte (Cassa Sigillaris), melyben a befolyt összegek mellett vezették a felmerült kiadásokat is. Pontos létrejöttét és megszűnését nem ismerjük, a számadások évköréből mindössze következtethetünk rá.
A Pecöli apátságra vonatkozóan mindössze egy rövid időszakból maradtak fenn elsősorban gazdasági jellegű iratok. Ezek Géfin Gyulához köthetők, aki 1946-ban lett pecöli apát.
A 14. században alapított pápóci perjelséget a székeskáptalan megalakulását követően az ötödik stallumot viselő kanonok kapta. Az összesen 11 csomóból álló, jórészt 18. századi iratok alighanem ekkor kerültek Szombathelyre, mely sorozatot még rövid ideig folytatták. Az iratok az 1945-ös bombázás során súlyosan megsérültek, nagy részük megégett, restaurálásra szorulnak.
A káptalannak külön oklevéltára korábban nem létezett, a középkori oklevelek összegyűjtésére a második világháborút követő mikrofilmezés során került sor. Alapját a Ladula sorozat képezte, melyhez csatolták a vegyes sorozatokból előkerült okleveleket. Jelen rendezés a már korábban kialakított és elkülönített oklevéltárra nem terjedt ki. Részletes ismertetésüket Kóta Péter 1997-ben megjelent regesztakötete adja.
Boross István nagyprépost alapítványa a gasztonyi tanítók javára
Festetich Rezső alapítványa a csehimindszenti iskolás gyerekek javára
Feszl Mihály alapítványa a lödősi iskolás gyerekek javára
Németh János felsőoszkói plébános alapítványa az ottani iskolamester javára
Megyery Mátyás csázmai (ma: Horvátország) kanonok által 1831-ben tett családi ösztöndíjalapítvány. Amennyiben rokon tanuló nem jelentkezett, a káptalannak joga volt más, nem rokon tanulónak is odaadni az ösztöndíjat.
A káptalan régi (1855 előtti) levelezésének rendezése során négy sorozat kialakítására került sor. Az első (Correspondentiae) a püspökség megalakulását megelőző társaskáptalani időszakot öleli fel, melyben a leveleket küldő szerint, alfabetikus rendben helyeztük el. Ezek túlnyomó többsége eleve ilyen csomókban maradt fenn, de hogy ki és mikor készítette őket, nem tudjuk. A második sorozat (Litterae et Mandata) egy viszonylag rövid időt ölel fel. 1780 és 1799 között a káptalan hivatalos levelezésének egy részét iktatták, folyamatos számozással látva őket el, melyhez segédlet is készült. A harmadik sorozat (Litterae) tulajdonképpen ennek az iktatott anyagnak a kiegészítése és egyben folytatása is, mely 1777-től tart egészen 1854-ig. Az előkerült leveleket kronologikus rendben helyeztük el, darabszintű feldolgozásuk ugyanakkor még hátra van, így segédlet sem áll rendelkezésre. A negyedik sorozat (Intimata) az országos szervekkel (mindenekelőtt a Helytartótanáccsal és a Kancelláriával) való levelezést tartalmazza, melyeket az iktatott rendszer megszűnését követően a káptalan külön kezelt, segédletet azonban sajnos nem készített hozzá.
Laky János (1776–1854) szombathelyi plébános 1849-ben tett családi ösztöndíjalapítványa. Kamatait egy rokon tanuló, annak hiányában pedig valamely a szombathelyi gimnáziumban tanuló vidéki ifjú élvezte.
A 18–19 század fordulóján, majd részben a 20. század elején végrehajtott rendezés során kialakított sorozat. A 18. század végéig keletkezett iratokat kronologikus rendben a Ladula 1-3, a 18. századi (de a 19 századba is átnyúló) iratokat birtokok szerint a Ladula A-G tartalmazza. Végül ide tartozik még az a 110 vegyes irat, melyeket a századfordulón Bertalanffy Gyula őrkanonok nem tudott az általa rendezett darabok közé beilleszteni. A középkori oklevelek korábban már kiemelésre kerültek.
Czuppon György-féle misealapítvány
Gáspár Ferenc-féle misealapítvány
Kovácsics József-féle misealapítvány
Szaniszló-Eberhard-féle misealapítvány
Joós István-féle misealapítvány
Kresznerits Ferenc (1766–1832) alsósági esperes-plébános 1817-ben tett családi ösztöndíjalapja. Rokon pályázó hiányában római katolikus gimnáziumban tanuló ifjak kaphatták az ösztöndíjat.
Krancsics József (1789–1853) kanonok 1852-ben tett két alapítványt. A nagyobbik egy családi ösztöndíjalap, a kisebbik pedig egy tanítóalap volt három Vas megyei római katolikus falusi iskolai tanítók részére.
Köves Antal (1811–1886) kanonok által létesített családi ösztöndíjalap, melynek kamataiból két iskolai ösztöndíjat fedeztek rokon gyermekek számára.
-
Borsos-Golubics-féle misealapítvány az alsó-lendvai plébániák számára
-
Csődy-féle segélyalapítvány (1859-ben megszűnt)
-
Schilson-Spreng-féle alapítvány a salfai plébános és tanító, valamint a surányi kápolna javára
-
Bozoly-féle alapítvány szentmisékre, a mihályfai tanító és szegények javára
-
Lábos-féle Vát-szentkúti templom javára és miselapítvány
-
Farkas-féle alapítvány a zeli templom javára
-
Frauer-féle m ise alapítvány az őrségi lelkészeknek
-
Bálint-féle alapítvány az egyházasrádóci szegényeknek
-
Gyurtsenics-féle alapítvány a tömördi plébánia javára
-
Ficzkó-féle alapítvány a borházai (Péterhegy) szegények javára
-
Hoffmann-féle alapítvány abdalóci szegények javára és misealapítvány
Az állagban elsősorban a kanonokok töredékesen fennmaradt kinevezési iratai, valamint számos apáti, tanári kinevezés, illetve doktori oklevél található.
Kelemen N. János és neje (Stegmüller Anna) 1910-ben tett alapítványa egyrészt a püspöki és a domonkos nővérek iskolájában tanulók, másrészt a két intézmény elöljárósága részére. István Vilmos püspök családi ösztöndíjalapja a szombathelyi domonkos zárdában nevelkedő rokon leányok számára. A két alapítványt az első években közösen kezelték.