Szily János már 1777-ben elérte, hogy Szombathelyen hozzanak létre egy külön papnevelő intézetet, melynek épülete 1780-ban el is készült, igaz II. József központosító politikája miatt 1783 és 1790 között szünetelt a működése. A szeminárium fenntartására Mária Terézia a Győr vármegyei Nyúl, valamint a Veszprém vármegyei Gecse és Vanyola birtokokat adományozta, melyek kezelője a püspök felügyelete alatt a káptalan volt. A törzsvagyon mellett szintén a káptalan kezelte a különböző alapokat is. A pénzügyi-gazdasági felügyeletet ellátó kanonok egyben a szeminárium rektora is volt, melynek köszönhetően a káptalan a szeminárium belső életében is meghatározó szerephez jutott. Ezt a közel másfél évszázados gyakorlatot Mikes János megyéspüspök az 1917-es új egyházi törvénykönyvre hivatkozva 1919-ben megszüntette: mindennemű gazdasági felügyeletet egy oeconomusra bízott, akinek vagyonkezelését egy gazdasági bizottság felügyelte. Ezzel a káptalan minden további felelőssége és joga megszűnt a szeminárium életében, s később is csak annyit tudott elérni Mikes lemondását követően Grősz Józsefnél, hogy a gazdasági felügyelőbizottság tagjai között ismét legyen egy káptalani tag. A régi gyakorlatot Grősz azonban csak abban az esetben lett volna hajlandó visszaállítani, ha a rektornak kinevezett kanonok az Egyházmegyei Zsinati Törvénykönyv rendelkezése szerint bent lakik a szemináriumban. Ezt azonban egyik káptalani tag sem tudta vállalni. Kompromisszumként az a döntés született, hogy a püspök a legközelebbi kanonoki üresedéskor az új rektort, Géfin Gyulát javasolja majd a Szentszéknél.
A magyar gyakorlat szerint a káptalan feladata volt a püspöki törzsvagyon kezelése. Ennek ellenére az erre vonatkozó iratok csak a kiegyezését követő időszakból maradtak fenn egészen 1924-ig, amikor a püspökség vette át a kezelést.
A 14. században alapított pápóci perjelséget a székeskáptalan megalakulását követően az ötödik stallumot viselő kanonok kapta. Az összesen 11 csomóból álló, jórészt 18. századi iratok alighanem ekkor kerültek Szombathelyre, mely sorozatot még rövid ideig folytatták. Az iratok az 1945-ös bombázás során súlyosan megsérültek, nagy részük megégett, restaurálásra szorulnak.
A Felsőszopori Szily család töredékesen fennmaradt iratai.
A 18–19 század fordulóján, majd részben a 20. század elején végrehajtott rendezés során kialakított sorozat. A 18. század végéig keletkezett iratokat kronologikus rendben a Ladula 1-3, a 18. századi (de a 19 századba is átnyúló) iratokat birtokok szerint a Ladula A-G tartalmazza. Végül ide tartozik még az a 110 vegyes irat, melyeket a századfordulón Bertalanffy Gyula őrkanonok nem tudott az általa rendezett darabok közé beilleszteni. A középkori oklevelek korábban már kiemelésre kerültek.
Az 1741-ben alapított kőszegi árvaházból kinőtt híres Kelcz-Adelffy árvaház majd fiúnevelő intézethez a káptalan elsősorban annak alapítványai révén kapcsolódott, melyek az intézet vagyonállagát képezték. Később azonban fokozatosan minden anyagi dolog a káptalan hatáskörébe került. Az első ilyen, a káptalan kezelésébe kerülő nagy alapítványt Adelffy Antal, a dunántúli kerületi tábla elnöke tette 1771-ben, melyet Kelcz Imre győri kanonok alapítványa követett 1792-ben. A káptalani felügyeletet egy kanonok végezte, aki egyben az intézet kormányzója is volt. Az első kormányzó 1775-ben még Kelcz Imre győri kanonok volt, akit Zichy Ferenc győri püspök nevezett ki az intézet élére. Kelczet követően a gyakorlat annyiban módosult, hogy a Szombathelyi egyházmegye 1777-es megalakulását követően a Vasvár-Szombathelyi Székeskáptalan egyik tagja vette át ezt a szerepet. A felügyelet jellegéből adódóan az állag elsősorban gazdasági jellegű iratokat tartalmaz, emellett azonban különböző (jórészt felvételi) kérvények, régi iratok, valamint Kelcz Imre, Adelffy Antal és Ferenczy Antal után maradt iratok maradtak fenn.
Az Egyházmegyei Alap létesítésének pontos dátuma nem ismert, annak kialakulása valószínűleg a Helytartótanács egy 1822-es rendeletéhez köthető, mely előírta, hogy a végrendelet nélkül elhalt egyházmegyei papok egyházi harmadának kétharmad részéből egy alapot kell létrehozni az egyházmegye személyi és dologi szükségleteinek fedezésére. A Szombathelyi Egyházmegyei Alapot az első években elsősorban személyi jellegű kiadások terhelték, ezeket azonban később átvették a különböző papi segélyalapok. Ezt követően a dologi kiadások kerültek előtérbe és elsősorban a kegyúr nélküli plébániák segélyezését végezte, mely az Eötvös-féle népiskolai törvényt követően az iskolák segélyezésével egészült ki. Ezen állagban található a Szűkölködő Káplánok Segélyalapja is (Fundus Curatorum Egenorum'), melyet Bőle And-rás ajánlásával hoztak létre az alesperesi kerületek hozzájárulásával 1827-ben. Az első években még külön vezették a számadást, majd 1836-tól közösen az Egyházmegyei Alappal. A segélyalap 1859-ben megszűnt és beolvadt a Szűkölködő Papok Alapjába.
Brenner (V.) János építész (1847–1908) családi ösztöndíjalapja. Amennyiben nem volt rokon gyermek, valamely szombathelyi középfokú iskolába járó római katolikus gyermek is megkaphatta az ösztöndíjat.
A Pecöli apátságra vonatkozóan mindössze egy rövid időszakból maradtak fenn elsősorban gazdasági jellegű iratok. Ezek Géfin Gyulához köthetők, aki 1946-ban lett pecöli apát.
Eölbey János (1759–1820) kanonok, nagyprépost néhány személyes irata mellett hagyatékával, valamint családjával kapcsolatos iratok, levelezések. A család birtokos volt Sében és Meszlenben, amelyről jórészt Eölbey Tamás és Antal révén maradt fenn négy csomónyi irat.
Egyike a két nagyobb, külön kezelt alapítványnak, melyet a Kelcz-Adelffy Árvaház javára tettek. Czuppon György (1755–1820) kanonok 1819-ben létesítette rokon tanulók neveltetésére.
A szombathelyi székesegyház a püspökség kegyurasága alatt állt, így az épület fenntartása is a püspöki javadalmat terhelte. Az itt tartott istentiszteletek szükségleteit azonban úgy oldották meg, hogy a szeminárium nyúli uradalmának jövedelméből évi 1200 forintot kiszakítottak. Az így létrejövő törzsvagyont a káptalan kezelte, mely a későbbiekben jelentősen növekedett, elsősorban hagyatékok révén. A székesegyházi zenekar alkalmazottait három jövedelmi forrásból fizették: a muzsikus földek jövedelméből, a püspökség és a káptalan évi hozzájárulásából, valamint a zenekaralapból. Utóbbi számadásait, valamint Lipovics István olvasókanonok által 1875-ben ennek segélyezésére hagyományozott összeget a káptalan kezelte.
A káptalan régi (1855 előtti) levelezésének rendezése során négy sorozat kialakítására került sor. Az első (Correspondentiae) a püspökség megalakulását megelőző társaskáptalani időszakot öleli fel, melyben a leveleket küldő szerint, alfabetikus rendben helyeztük el. Ezek túlnyomó többsége eleve ilyen csomókban maradt fenn, de hogy ki és mikor készítette őket, nem tudjuk. A második sorozat (Litterae et Mandata) egy viszonylag rövid időt ölel fel. 1780 és 1799 között a káptalan hivatalos levelezésének egy részét iktatták, folyamatos számozással látva őket el, melyhez segédlet is készült. A harmadik sorozat (Litterae) tulajdonképpen ennek az iktatott anyagnak a kiegészítése és egyben folytatása is, mely 1777-től tart egészen 1854-ig. Az előkerült leveleket kronologikus rendben helyeztük el, darabszintű feldolgozásuk ugyanakkor még hátra van, így segédlet sem áll rendelkezésre. A negyedik sorozat (Intimata) az országos szervekkel (mindenekelőtt a Helytartótanáccsal és a Kancelláriával) való levelezést tartalmazza, melyeket az iktatott rendszer megszűnését követően a káptalan külön kezelt, segédletet azonban sajnos nem készített hozzá.
A Káptalani Tartalékalapot 1872-ben hozták létre a nagyprépost jövedelmének negyedéből. A tartalékalapból templomokat, iskolákat (elsősorban a szombathelyi püspöki elemi iskolát) segélyeztek, illetve egyéb közcélra fordították. A háború utáni gazdasági problémák miatt jövedelme megcsappant, 1927-től pedig az alap névlegessé vált, 1936-ban meg is szűnt. A kifizetéseket ezután a dekanális pénztárból fedezték.
Az Egyházmegyei Segélyalap 1866-ban jött létre az Egyházmegyei Alapból, feladata az egyházmegyei papság vagy valamely más alap segélyezése volt. 1900-ban a szeminárium tartalékalapjából egy jelentősebb összeget kiszakítottak, és átadtak a Segélyalapnak, melynek legnagyobb részét azonban a püspöki elemi iskola segélyezésére kellett fordítani. Ezt a részt az iskolával együtt 1921-ben átadták a Szombathelyi Egyházközségnek.
A káptalani ülések jegyzőkönyvei közül az első fennmaradt kötet az 1755 és 1799 közötti időszakot öleli fel, melyet a második csak 1855-től követ. A kettő közötti 55 évből mindössze néhány másolat áll rendelkezésre. Sajátos körülmény, hogy a káptalan 1855-től vezetett jegyzőkönyve alakult át fokozatosan a hivatalos iratok iktatókönyvévé és 1895-től kezdődően elsősorban már ekként funkcionált. A káptalani ülések fontosabb határozatait azonban továbbra is ide vezették be, mely módszert a későbbi köteteknél is megtartottak. A kettő (iktatókönyv és ülések jegyzőkönyve) csak 1933-tól vált külön. Az ülésekhez és az iktatókönyvekhez készült két mutató is.
A Szűkölködő Papok Alapjának (Fundus Parochorum Egenorum) története az egyházmegye alapítása előtti évekre nyúlik vissza. Széchényi György esztergomi érsek, a korábbi győri püspök a Győri Egyházmegye részére hozott létre egy papi segélyalapot, melynek harmadát a Szombathelyi egyházmegye megalapítását követően kiszakították, és hasonló rendeltetéssel az új egyházmegyének adtak át. Az alapot a káptalan kezelte, de a segélyutalványozás joga a püspököt illette. Szenczy Ferenc püspök kezdeményezésére az alap 1859-ben megszűnt, pontosabban egyesült a Szűkölködő Káplánok Segélyalapjával, a Csődy-féle segélyalappal és a Kemenesaljái Alesperesi kerület gyűjteményével. Az alap végül 1872-ben szűnt meg, vagyona a Szent Imre Egyesülethez került.
A régi katolikus városi elemi iskola 1869-es községesítését követően 1872-ben az egyházmegye egy új elemit állított fel. Az iskola törzsvagyonát a káptalan kezelte, egészen 1921-ig, mikor a fenntartást az újonnan megalakuló Szombathelyi Egyházközség vette át.
A káptalan a hiteleshelyi tevékenységből fakadó pénzügyeket külön kasszában kezelte (Cassa Sigillaris), melyben a befolyt összegek mellett vezették a felmerült kiadásokat is. Pontos létrejöttét és megszűnését nem ismerjük, a számadások évköréből mindössze következtethetünk rá.
Ege Miklós kőszegi ügyvéd 1884-ben tett alapítványa. Ennek kamatjövedelme eleinte özvegyét illette, majd annak 1913-as halálát követően lépett életbe az alap a Kőszegi, Felsőőri és Németújvári járás németajkú tanítói részére, valláskülönbség és az iskola jellegére való tekintet nélkül.
Az Egyházmegyei Nyugdíjalap (később Egyházmegyei Nyugdíjintézet) biztosította eredetileg a munkaképtelenné vált papok ellátását. Vagyonát a káptalan kezelte, mely négy részből állt: az alaptőke mellett állami segély, a szeminárium nyúli birtokának fölös jövedelme, a papok hagyománya és egyéb adományok. Minden papnak végrendeletileg kötelezően hozzá kellett járulnia az alaphoz. Az első világháború utáni zavaros pénzügyi helyzetben jövedelmét azonban lényegében csak ez utóbbi tette ki, ráadásul ezt is a Szent Imre egylethez utalták. A nyugdíjügyet végül 1927-ben az Egyházmegyei Zsinati Törvénykönyv rendezte. Eszerint a nyugdíjat az Egyházmegyei Nyugdíjintézet szolgáltatta, melyet csak kiegészített a Szent Imre-egylet.
A káptalan hivatalos iratainak kezelése az 1850-es évektől jelentős változásokon ment keresztül. Az ügyiratok kezdetben a káptalani ülések jegyzőkönyvi tételeihez tartoztak, az 1870-es évek közepétől azonban a jegyzőkönyvbe mind kevesebb ügyet vezettek be és az 1880-as évekre évi néhány darabra csökkent. Ezzel párhuzamosan az iratok önálló iktatószámot kaptak, bár továbbra is jellemző maradt a tematikus alapú elhelyezés (például a püspöki törzsvagyonra, a Benők alapítványra vagy a szemináriumi birtokokra vonatkozó hivatalos iratokat is külön kezelték). Iktatókönyv azonban csak az 1890-es évek elejétől kezdve alakult ki fokozatosan a jegyzőkönyvből, s 1895-től elsősorban már ekként funkcionált.
A nyugdíjas papoknak az egyházmegye alapításakor nem állt rendelkezésre külön intézet, így a szeminárium épületében kaptak helyet. A deficientia saját épülete Somogy Lipót püspök alatt, 1810-ben készült el, mely ugyan az Egyházmegyei Nyugdíjalap (később Nyugdíjintézet) tulajdonát képezte, de vagyonát külön kezelte a káptalan egyik tagja, aki egyben a háznak a gondnoka is volt.
Eölbey János (1759–1820) nagyprépost és Kovacsics József (1792–1874) nyugalmazott csehimindszenti plébános szegényalapítványainak közösen vezetett számadása. Előbbit a székeskáptalan saját belátása szerint osztotta ki, utóbbi azon plébániák részére utalták ki, ahol Kovacsics élete során működött (Csehimindszent, Nárai, Nagykölked).
Az állag nagyobb részt (de nem kizárólag) a káptalan birtokain élők különféle kérvényeit tartalmazza. Három esetben az instantiákat külön gyűjtöttük: az illmitzi birtokkal, a szemináriumi birtokokkal és a Kelcz-Adelffy Árvaházzal kapcsolatos kérvények a megfelelő intézményi állagokba kerültek.
Az Egyházmegyei Szegényalapot 1913-ban hozta létre Mikes János megyéspüspök az 1910-ben elhunyt Horváth Károly c. apát, zalaegereszegi esperes-plébános szegényharmadából. A kezelést a káptalanra bízta, de az utalványozást a püspök magának tartotta fenn. Az alap később több hagyatékkal, valamint 1927-től az Egyházmegyei Zsinati Törvénykönyv rendelkezése nyomán a végrendelet nélkül elhalt papok szegényharmadával gyarapodott.
A Szombathelyi Egyházmegyei Nyomdát 1895-ben alapították, elsősorban azzal a céllal, hogy be tudják indítani az egyházmegye politikai lapját, a Szombathelyi Újságot. Mindkettő pénzügyi felügyeletét a káptalan látta el, a fennmaradt számadások azonban rendkívül töredékesek.
Özv. Festetits Dénesné (született Zichy Karolina) grófnő 1905-ben két alapítványt tett. A nagyobbikat az általa 1901-ben alapított és a Szent Kereszt Irgalmas Nővérekre bízott szentkirályi óvoda és női kézimunka iskola működése javára, a kisebbiket pedig egy szegény leánynak a szombathelyi zárdában való taníttatására. Németh Béla szombathelyi pénzügyi titkár és Széll János (1820–1909) nyugalmazott zalabéri plébános 1900-ban, illetve 1902-ben tett alapítványai a zalaegerszegi apácazárda javára.
A káptalan újkori történetének legfontosabb forrásai az 1697 és 1815 között lefolytatott hat vizitáció, melyek egyben a káptalan statútumait is tartalmazzák. Utóbbiakat külön általában nem adták ki, mindössze a Somogyi Lipót-féle maradt fenn önálló formában is.
A Szent Imre Egyletet 1872-ben hozták létre, mint papi nyugdíjintézetet. A régi nyugdíjalaphoz való viszonya sokáig nem volt tisztázva, idővel jelentőségében túl is nőtt rajta. A kettő egymáshoz való viszonyát végül az 1927-es Egyházmegyei Zsinat rendezte. Eszerint a papi nyugdíjat az Egyházmegyei Nyugdíjintézet szolgáltatta, melyet az egyesület csak kiegészített.
Gludovácz József kir. tanfelügyelő 1798-as végrendeletében tett szegényalapítványa, melyet Horváth Zsigmond 1808-ban egy jelentősebb összeggel megnövelt. Ettől kezdve az adományozás joga a Horváth családot illette (Szentgyörgy, Hegyfalu, Petőháza és Szenttamás földbirtokosai). A család az 1850-es években azonban tönkrement, és elvesztette befolyását az alapítványra, ezt követően a káptalan jelölte ki azokat, akik a kamatokat élvezték.
A székeskáptalan a századfordulón több plébánia kegyúri terheinek megváltására letett összeget is kezelt. Eredetileg hét ilyen plébánia volt (Alszószölnök, Felsőszölnök, Kőszegszerdahely, Péterhegy, Pinkamindszent, Szőce és Vízlendva), azonban nem mindegyik iratanyaga maradt fenn. 1916-ban püspöki határozatra a káptalan az összegeket kiadta az illetékes plébániáknak.