A káptalan gazdasági ügyeit régebbi időktől fogva a dékán intézte, a 19. század elején azonban mellette megjelent a divisor (főpénztárnok) is. Átmeneti időszaknak tekinthető Szabó Imre kanonok működése, aki 1798 és 1820 között intézte a káptalan gazdasági ügyeit. Elődje, Godányi János még dékánként működött, Szabó alatt azonban (feltételezhetően 1810 körül) különvált a két hivatal és mellette Fatovich Mátyás személyében külön dékánt neveztek ki. Ezt látszik megerősíteni, hogy az 1781-es Szily-féle vizitáció még csak dékánt említ, az 1815-ös Somogy-féle vizitációban viszont mellette megjelenik a divisor is. A két hivatal jól kimutathatóan egymás mellett működött egészen az 1920-as évekig. Egymáshoz való pontos viszonyuk azonban még kérdéses, ráadásul időben is változott. Elvben a dékán jószágkormányzóként a birtokigazgatást vezette, míg a divisor a káptalan jövedelmeit és a törzsvagyont kezelte. A főpénztár mellett azonban 1872-től külön dékáni pénztár is megjelent. A káptalan gazdasági életében az első világháborút követően jelentős változások történtek. Az 1920-as években ugyanis gazdálkodása válságba jutott és 1927 és 1933 között egy jelentősebb átszervezésre került sor. Ennek során a főpénztári és törzsvagyoni számadások megszűntek és a káptalan teljes gazdasági irányítása a dékán (aki ekkor Rogács Ferenc volt) kezébe került. így ebből az időszakból minden gazdasági jellegű irat ide került.
Özv. Festetits Dénesné (született Zichy Karolina) grófnő 1905-ben két alapítványt tett. A nagyobbikat az általa 1901-ben alapított és a Szent Kereszt Irgalmas Nővérekre bízott szentkirályi óvoda és női kézimunka iskola működése javára, a kisebbiket pedig egy szegény leánynak a szombathelyi zárdában való taníttatására. Németh Béla szombathelyi pénzügyi titkár és Széll János (1820–1909) nyugalmazott zalabéri plébános 1900-ban, illetve 1902-ben tett alapítványai a zalaegerszegi apácazárda javára.
Eölbey János (1759–1820) nagyprépost és Kovacsics József (1792–1874) nyugalmazott csehimindszenti plébános szegényalapítványainak közösen vezetett számadása. Előbbit a székeskáptalan saját belátása szerint osztotta ki, utóbbi azon plébániák részére utalták ki, ahol Kovacsics élete során működött (Csehimindszent, Nárai, Nagykölked).
Eölbey János (1759–1820) kanonok, nagyprépost néhány személyes irata mellett hagyatékával, valamint családjával kapcsolatos iratok, levelezések. A család birtokos volt Sében és Meszlenben, amelyről jórészt Eölbey Tamás és Antal révén maradt fenn négy csomónyi irat.
Az Egyházmegyei Szegényalapot 1913-ban hozta létre Mikes János megyéspüspök az 1910-ben elhunyt Horváth Károly c. apát, zalaegereszegi esperes-plébános szegényharmadából. A kezelést a káptalanra bízta, de az utalványozást a püspök magának tartotta fenn. Az alap később több hagyatékkal, valamint 1927-től az Egyházmegyei Zsinati Törvénykönyv rendelkezése nyomán a végrendelet nélkül elhalt papok szegényharmadával gyarapodott.
Az Egyházmegyei Segélyalap 1866-ban jött létre az Egyházmegyei Alapból, feladata az egyházmegyei papság vagy valamely más alap segélyezése volt. 1900-ban a szeminárium tartalékalapjából egy jelentősebb összeget kiszakítottak, és átadtak a Segélyalapnak, melynek legnagyobb részét azonban a püspöki elemi iskola segélyezésére kellett fordítani. Ezt a részt az iskolával együtt 1921-ben átadták a Szombathelyi Egyházközségnek.
Az Egyházmegyei Nyugdíjalap (később Egyházmegyei Nyugdíjintézet) biztosította eredetileg a munkaképtelenné vált papok ellátását. Vagyonát a káptalan kezelte, mely négy részből állt: az alaptőke mellett állami segély, a szeminárium nyúli birtokának fölös jövedelme, a papok hagyománya és egyéb adományok. Minden papnak végrendeletileg kötelezően hozzá kellett járulnia az alaphoz. Az első világháború utáni zavaros pénzügyi helyzetben jövedelmét azonban lényegében csak ez utóbbi tette ki, ráadásul ezt is a Szent Imre egylethez utalták. A nyugdíjügyet végül 1927-ben az Egyházmegyei Zsinati Törvénykönyv rendezte. Eszerint a nyugdíjat az Egyházmegyei Nyugdíjintézet szolgáltatta, melyet csak kiegészített a Szent Imre-egylet.
A Szombathelyi Egyházmegyei Nyomdát 1895-ben alapították, elsősorban azzal a céllal, hogy be tudják indítani az egyházmegye politikai lapját, a Szombathelyi Újságot. Mindkettő pénzügyi felügyeletét a káptalan látta el, a fennmaradt számadások azonban rendkívül töredékesek.
Az Egyházmegyei Alap létesítésének pontos dátuma nem ismert, annak kialakulása valószínűleg a Helytartótanács egy 1822-es rendeletéhez köthető, mely előírta, hogy a végrendelet nélkül elhalt egyházmegyei papok egyházi harmadának kétharmad részéből egy alapot kell létrehozni az egyházmegye személyi és dologi szükségleteinek fedezésére. A Szombathelyi Egyházmegyei Alapot az első években elsősorban személyi jellegű kiadások terhelték, ezeket azonban később átvették a különböző papi segélyalapok. Ezt követően a dologi kiadások kerültek előtérbe és elsősorban a kegyúr nélküli plébániák segélyezését végezte, mely az Eötvös-féle népiskolai törvényt követően az iskolák segélyezésével egészült ki. Ezen állagban található a Szűkölködő Káplánok Segélyalapja is (Fundus Curatorum Egenorum'), melyet Bőle And-rás ajánlásával hoztak létre az alesperesi kerületek hozzájárulásával 1827-ben. Az első években még külön vezették a számadást, majd 1836-tól közösen az Egyházmegyei Alappal. A segélyalap 1859-ben megszűnt és beolvadt a Szűkölködő Papok Alapjába.
Ege Miklós kőszegi ügyvéd 1884-ben tett alapítványa. Ennek kamatjövedelme eleinte özvegyét illette, majd annak 1913-as halálát követően lépett életbe az alap a Kőszegi, Felsőőri és Németújvári járás németajkú tanítói részére, valláskülönbség és az iskola jellegére való tekintet nélkül.
A káptalan levéltára számos letétet fogadott be megőrzés céljából, így elsősorban alapító- és adományleveleket, valamint végrendeleteket (melyek közül sok felbontatlan).
A nyugdíjas papoknak az egyházmegye alapításakor nem állt rendelkezésre külön intézet, így a szeminárium épületében kaptak helyet. A deficientia saját épülete Somogy Lipót püspök alatt, 1810-ben készült el, mely ugyan az Egyházmegyei Nyugdíjalap (később Nyugdíjintézet) tulajdonát képezte, de vagyonát külön kezelte a káptalan egyik tagja, aki egyben a háznak a gondnoka is volt.