A leggyakrabban kutatott püspöki hivatal iratanyagának iktatói és mutatói 1917-ig latin nyelvűek. 1918-tól napjainkig már magyar nyelven szerkesztettek. Az iratoknál már említettük, hogy mely évekből hiányoznak az iktató-, illletve a mutatókönyvek. Használatuk a kutatáshoz nélkülözhetetlen. A 18. századból az iktatókönyvek 1792-ig, a mutatókönyvek 1768-ig maradtak meg. A rossz elhelyezés következtében a 19. század első feléből megsemmisültek. Az 1793–1800, 1810–1812, 1814–1823 és 1832–1841 közötti évekből az iktatókönyvek hiányoznak. Az 1839-es és 1841-es évből csak mutatók maradtak meg. Ezen évek esetében csak az iratok egyenkénti átnézését tanácsolhatjuk. 1842-től napjainkig a segédkönyvek sorozata hiánytalan és ezek segítségével a kutatás az érvényes szabályok alapján történhet.
A mutatók csak hiányosan és bizonyos korszakokból maradtak ránk, tehát használatuk nem elegendő a sikeres kutatáshoz
A levéltár rendezésekor ezt az anyagot külön találtuk meg és fokozatosan sorozattá bővült. A sorozat időrendileg majdnem teljes, csak 1777, 1778 és 1780 hiányzik Forrásértéke változó. A döntő többségében latin nyelvű iratok egyenkénti átnézéssel kutathatók.
Hiányzik: 2013-Def., 2014 –Def., 2015-Cop.
Hiányzik: 1822–1826, 1832–1844, 1848–1850, 1852, 1870–1895, 1901–1902, 1951, 1984.
Hiányzik: 1990.
Hiányzik: 1827-1840, 1843-1850, 1870-1895.
Hiányzik: 1842-1847, 1870-1895, 1916, 1918.
Hiányzik: 1833-1837, 1842-1844, 1848, 1870-1895, 1918, 1983-1998.
Hiányzik: 1830-1838, 1842-1847, 1980-1989, 1980-1991.
Hiányzik: 1923, 1940, 1949, 1987. Fénymásolt: 2012-2015.