A vasvári káptalan alapításának pontos dátuma nem ismert, létrejötte alighanem a 11. századi államszervezési tevékenységgel függ össze. A kialakuló vármegyék többsége ugyanis egyben egy egyházigazgatási egységet, főesperességet is alkotott, melyből felépültek maguk az egyházmegyék. így a Győri egyházmegyéhez tartozó Vas vármegye is egyetlen főesperességet alkotott, mely egy helyben lakó főesperes felügyelete alá tartozott. Az ő személye körül kialakult kisebb egyházi testület volt a vasvári káptalan, melynek létéről az első adatok a 12. század végéről vannak. A főesperes központi szerepét látszik megerősíteni a káptalan kialakulásában, hogy ezt a tisztet a főesperesség 1770-es felosztásáig mindvégig a prépost töltötte be.
Vasvár a középkorban a régió jelentősebb települései közé tartozott, melyet katonai-gazdasági kettős funkciójának köszönhetett: ellenőrizte egyrészt a környék legjelentősebb távolsági iitvonalát, a Katonák útját és annak hegyháti szakaszát védelmező Vasvári sáncot, valamint a nyugati határvidéken ebben az időszakban nagy mennyiségben előállított nyersvas begyűjtését, raktározását és elosztását. A település jelentőségét jelzi, hogy öt templom is állt a területén, melyek legnagyobbika a káptalan Szent Mihályról elnevezett háromhajós temploma volt. Ennek környékén alakult ki a káptalani településrész, Szentmihályfalva.
A káptalan korai működéséről keveset tudunk. Feltételezhetően – más kanonoki közösségekhez hasonlóan – a kanonokok közös házban, szerzetesek módján együtt laktak és étkeztek, valamint közös istentiszteleten vettek részt. A közös életforma azonban legkésőbb a 15. század elejére megszűnt. A közösségi élet a jelesebb napokon tartott közös étkezésekre, a káptalani misékre és a közös ügyek megtárgyalására korlátozódott. Ez a Szombathelyre költözést követően sem változott meg, ahol szintén valamennyi kanonoknak saját háza volt.
A vasvári káptalan életében fordulópontot jelentett az 1578-as év, amikor a török veszély miatt az országgyűlés úgy határozott, hogy „a vasvári káptalant, az ő pecsétjével és jegyzőkönyvével együtt Szombathelyre, mint biztosabb helyre áttegyék”. A költözés fontos szerepet játszott Szombathely fejlődésében, hiszen növelte központi helyzetét, és a káptalan jelenléte alighanem meghatározó szerepet játszott abban, hogy 1777-ben Mária Terézia Szombathelyt választotta az új püspökség székhelyének. A költözés azonban nehézségekkel is járt: miközben ugyanis a káptalannak Vasváron saját temploma volt, addig Szombathelyen a plébániával kellett osztoznia a vártemplomon. Ez nem változott a Szombathelyi egyházmegye megalapítását követően sem, és saját templom helyett az újonnan felépült székesegyház falain belül alakították ki a Szent Mihály-kápolnát (a mai Madonna-kápolnát). Emellett a székeskáptalanná alakult testület saját sekrestyét kapott, melyben a káptalan ülésterme is volt.