Az addig egységesen kezelt levéltárat Batthyány József prímás választotta ketté. Az egyház birtokaira és gazdasági ügyvitelére vonatkozó okleveleket és iratokat Archivum saeculare néven, Jelencsics, majd Dvornikovics levéltárosok munkájával külön rendeztette; ugyanakkor intézkedett az egyházkormányzati iratok rendezéséről is. A munkát 1779-ben udvari káplánjára, Stegner Istvánra bízta, s ennek nem sokára történt távozása után Fuchs Ferencnek, a későbbi egri érseknek adta.
Fuchs komoly előkészülettel látott a munkához. Egyik jelentésében írja, hogy – mint Andrássy Károly báró fiainak nevelője – rendezte az Andrássy család betléri levéltárát, majd tanulmányozta a magyar udvari kancellária és a helytartótanács levéltári rendszerét. Ezeknek az ismereteknek birtokéban végezte el a prímási egyházi levéltár rendezését 1781–1785-ben. 1786. december 30-án zárta le a rendezéshez és a levéltár további kezeléséhez készített útmutatóját: <i>Directorium et speculum pro manipulantibus Archivum Ecclesiasticu</i> címen. A primás életében a Fuchs megteremtette rendszert folytatták tovább. A későbbi iratokhoz további segédletek készültek, Jordányszky Elek levéltáros pedig az addigi lajstomkönyvek alapján a század végén összesítő elenchust is készített. (A rendezésre vonatkozó, iratok: Batthyány prímás iratai Prot. I, No. 818; Prot. III, Intr. No. 17, 18, 20.)
A prímás utasítáa értelmében Fuchs a helytartótanács irattári rendszerét vette alapul. Ennek „departamentumait” nyolc „kategóriával helyettesítette. Ezeken belül a helytartótanácsi iratok kisebb tárgyi csoportjait jelentő „fontes” megfelelői „numeri”, s az ottani „positiones” párhuzamai a „numeri subalterni”. A kategóriák megállapítása után Fuchs az egyházi levéltár iratait két részre osztotta. A Barkóczy prímás haláláig (1765) bezárólag terjedő iratok az Archivum vetus, a Batthyány érseksége alatt (1776-tól) keletkezett iratok az Archivum novum nevet kapták. A kategóriákat a „régi levéltárban a lehetőség szerint, az „újban” pedig többé-kevésbé következetesen alkalmazva, Fuchs ezek alapján rakta pontosabb rendbe az iratokat, és készítette el a lajstromkönyveket.
Ezek az iratok a Visitatio Canonica című kötetes sorozat kiegészítő forrásai. A sorozat azokat a jogszokásokat és joggyakorlatokat tartalmazza, amelyek pontosan és jogérvényesen a Visitatio Canonica című kötetekben lettek megállapítva. Tehát azokat az iratokat tartalmazza, amely az egyes plébániák jogviszonyait állapítják meg. Vonatkozik magára a templomra, pénztárára, a templom belső felszerelésére, az istentisztelet sorrendjére. Tárgya továbbá: a plébánia fundus instructusa, könyvtáre, a területén lévő leányegyházak, oratoriumok, kápolnák, szobrok keresztek, temetők, iskolák stb., lelkészi jövedelmek, a kegyurak és földesurak jogai és kötelességei, a lelkészek és hívek közti jogviszony, hívek vallásos és erkölcsi élete, maga a lelkész, az egyház szolgálatában álló világi személyek és különféle jámor alapítványok.