A káptalan újkori történetének legfontosabb forrásai az 1697 és 1815 között lefolytatott hat vizitáció, melyek egyben a káptalan statútumait is tartalmazzák. Utóbbiakat külön általában nem adták ki, mindössze a Somogyi Lipót-féle maradt fenn önálló formában is.
A Felsőszopori Szily család töredékesen fennmaradt iratai.
A káptalanok a rendi országgyűlések alsótábláján képviseltethették magukat. Az erre vonatkozó iratokat valószínűleg külön kezelte a káptalan. Az állag az országgyűlési munkára vonatkozó vegyes iratok mellett beszédeket, tudósításokat, a kiadott törvényeket és rendeleteket, valamint az országgyűlési jegyzőkönyveket és irományokat tartalmazza.
-
Borsos-Golubics-féle misealapítvány az alsó-lendvai plébániák számára
-
Csődy-féle segélyalapítvány (1859-ben megszűnt)
-
Schilson-Spreng-féle alapítvány a salfai plébános és tanító, valamint a surányi kápolna javára
-
Bozoly-féle alapítvány szentmisékre, a mihályfai tanító és szegények javára
-
Lábos-féle Vát-szentkúti templom javára és miselapítvány
-
Farkas-féle alapítvány a zeli templom javára
-
Frauer-féle m ise alapítvány az őrségi lelkészeknek
-
Bálint-féle alapítvány az egyházasrádóci szegényeknek
-
Gyurtsenics-féle alapítvány a tömördi plébánia javára
-
Ficzkó-féle alapítvány a borházai (Péterhegy) szegények javára
-
Hoffmann-féle alapítvány abdalóci szegények javára és misealapítvány
Egy katolikus leányiskola alapítása érdekében Hidassy Kornél megyéspüspök hozott létre egy külön alapot, melyet 1895-ben a káptalan kezelésére bízott. A domonkos nővérek szombathelyi leányiskolája végül 1906-ban valósult meg.
Ebbe az állagba az alapítványokról vezetett vegyes pénztárkönyvek, vegyes számadások, valamint a Batthyány Károly-féle alap töredékes iratai kerültek.
Eölbey János (1759–1820) kanonok, nagyprépost néhány személyes irata mellett hagyatékával, valamint családjával kapcsolatos iratok, levelezések. A család birtokos volt Sében és Meszlenben, amelyről jórészt Eölbey Tamás és Antal révén maradt fenn négy csomónyi irat.
Kresznerits Ferenc (1766–1832) alsósági esperes-plébános 1817-ben tett családi ösztöndíjalapja. Rokon pályázó hiányában római katolikus gimnáziumban tanuló ifjak kaphatták az ösztöndíjat.
Egyike a két nagyobb, külön kezelt alapítványnak, melyet a Kelcz-Adelfíy Árvaház javára tettek. Török József (1773–1840) kanonok létesítette rokon fiúk neveltetésére.
Kelemen N. János és neje (Stegmüller Anna) 1910-ben tett alapítványa egyrészt a püspöki és a domonkos nővérek iskolájában tanulók, másrészt a két intézmény elöljárósága részére. István Vilmos püspök családi ösztöndíjalapja a szombathelyi domonkos zárdában nevelkedő rokon leányok számára. A két alapítványt az első években közösen kezelték.
Szenczy Ferenc (1800–1869) szombathelyi püspök végrendeletében vasvári házát és birtokát az ottani leányiskola alapítására hagyta. Az alap nővére halála után, 1889-ben létesült, addig ugyanis őt illette a haszonélvezeti jog.
Czuppon György-féle misealapítvány
Gáspár Ferenc-féle misealapítvány
Kovácsics József-féle misealapítvány
Szaniszló-Eberhard-féle misealapítvány
Joós István-féle misealapítvány
Özv. Festetits Dénesné (született Zichy Karolina) grófnő 1905-ben két alapítványt tett. A nagyobbikat az általa 1901-ben alapított és a Szent Kereszt Irgalmas Nővérekre bízott szentkirályi óvoda és női kézimunka iskola működése javára, a kisebbiket pedig egy szegény leánynak a szombathelyi zárdában való taníttatására. Németh Béla szombathelyi pénzügyi titkár és Széll János (1820–1909) nyugalmazott zalabéri plébános 1900-ban, illetve 1902-ben tett alapítványai a zalaegerszegi apácazárda javára.
Grosz Mihály (1807–1873) c. kanonok, felsőszilvágyi plébános 1873-ban tett ösztöndíjalapja két rokon fiú számára.
Köves Antal (1811–1886) kanonok által létesített családi ösztöndíjalap, melynek kamataiból két iskolai ösztöndíjat fedeztek rokon gyermekek számára.
Laky János (1776–1854) szombathelyi plébános 1849-ben tett családi ösztöndíjalapítványa. Kamatait egy rokon tanuló, annak hiányában pedig valamely a szombathelyi gimnáziumban tanuló vidéki ifjú élvezte.
Ege Miklós kőszegi ügyvéd 1884-ben tett alapítványa. Ennek kamatjövedelme eleinte özvegyét illette, majd annak 1913-as halálát követően lépett életbe az alap a Kőszegi, Felsőőri és Németújvári járás németajkú tanítói részére, valláskülönbség és az iskola jellegére való tekintet nélkül.
Eölbey János (1759–1820) nagyprépost és Kovacsics József (1792–1874) nyugalmazott csehimindszenti plébános szegényalapítványainak közösen vezetett számadása. Előbbit a székeskáptalan saját belátása szerint osztotta ki, utóbbi azon plébániák részére utalták ki, ahol Kovacsics élete során működött (Csehimindszent, Nárai, Nagykölked).
Gludovácz József kir. tanfelügyelő 1798-as végrendeletében tett szegényalapítványa, melyet Horváth Zsigmond 1808-ban egy jelentősebb összeggel megnövelt. Ettől kezdve az adományozás joga a Horváth családot illette (Szentgyörgy, Hegyfalu, Petőháza és Szenttamás földbirtokosai). A család az 1850-es években azonban tönkrement, és elvesztette befolyását az alapítványra, ezt követően a káptalan jelölte ki azokat, akik a kamatokat élvezték.
Krancsics József (1789–1853) kanonok 1852-ben tett két alapítványt. A nagyobbik egy családi ösztöndíjalap, a kisebbik pedig egy tanítóalap volt három Vas megyei római katolikus falusi iskolai tanítók részére.
Megyery Mátyás csázmai (ma: Horvátország) kanonok által 1831-ben tett családi ösztöndíjalapítvány. Amennyiben rokon tanuló nem jelentkezett, a káptalannak joga volt más, nem rokon tanulónak is odaadni az ösztöndíjat.
Séllyey Terézia lórántházai birtokos által tett alapítvány, melynek jövedelmeit az alapítványi birtok adta. Célja egyrészt a Tófej-Lórántházai plébánia felállítása és egy templom építése volt (ezek 1933-ban valósultak meg), valamint a fenntartásból fennmaradó részből egy árvaház felállítása.
Dr. Tauber Sándor (1868–1935) kanonok 1921-ben alapított segélyalapja egyházmegyei szegény sorsú áldozópapok részére.
Varga János győri kanonok 1851-es végrendeletében létrehozott alapítványa vasvári szegények (elsősorban özvegyek és tűzkárosultak) segélyezésére, valamint gyermekeik taníttatására az ottani elemi iskolában. Emellett nővérei, Varga Erzsébet és Varga Judit fiainak taníttatását is ebből az alapból kellett fedezni.
Boross István nagyprépost alapítványa a gasztonyi tanítók javára
Festetich Rezső alapítványa a csehimindszenti iskolás gyerekek javára
Feszl Mihály alapítványa a lödősi iskolás gyerekek javára
Németh János felsőoszkói plébános alapítványa az ottani iskolamester javára
Az 1741-ben alapított kőszegi árvaházból kinőtt híres Kelcz-Adelffy árvaház majd fiúnevelő intézethez a káptalan elsősorban annak alapítványai révén kapcsolódott, melyek az intézet vagyonállagát képezték. Később azonban fokozatosan minden anyagi dolog a káptalan hatáskörébe került. Az első ilyen, a káptalan kezelésébe kerülő nagy alapítványt Adelffy Antal, a dunántúli kerületi tábla elnöke tette 1771-ben, melyet Kelcz Imre győri kanonok alapítványa követett 1792-ben. A káptalani felügyeletet egy kanonok végezte, aki egyben az intézet kormányzója is volt. Az első kormányzó 1775-ben még Kelcz Imre győri kanonok volt, akit Zichy Ferenc győri püspök nevezett ki az intézet élére. Kelczet követően a gyakorlat annyiban módosult, hogy a Szombathelyi egyházmegye 1777-es megalakulását követően a Vasvár-Szombathelyi Székeskáptalan egyik tagja vette át ezt a szerepet. A felügyelet jellegéből adódóan az állag elsősorban gazdasági jellegű iratokat tartalmaz, emellett azonban különböző (jórészt felvételi) kérvények, régi iratok, valamint Kelcz Imre, Adelffy Antal és Ferenczy Antal után maradt iratok maradtak fenn.
A székeskáptalan a századfordulón több plébánia kegyúri terheinek megváltására letett összeget is kezelt. Eredetileg hét ilyen plébánia volt (Alszószölnök, Felsőszölnök, Kőszegszerdahely, Péterhegy, Pinkamindszent, Szőce és Vízlendva), azonban nem mindegyik iratanyaga maradt fenn. 1916-ban püspöki határozatra a káptalan az összegeket kiadta az illetékes plébániáknak.
Az Egyházmegyei Alap létesítésének pontos dátuma nem ismert, annak kialakulása valószínűleg a Helytartótanács egy 1822-es rendeletéhez köthető, mely előírta, hogy a végrendelet nélkül elhalt egyházmegyei papok egyházi harmadának kétharmad részéből egy alapot kell létrehozni az egyházmegye személyi és dologi szükségleteinek fedezésére. A Szombathelyi Egyházmegyei Alapot az első években elsősorban személyi jellegű kiadások terhelték, ezeket azonban később átvették a különböző papi segélyalapok. Ezt követően a dologi kiadások kerültek előtérbe és elsősorban a kegyúr nélküli plébániák segélyezését végezte, mely az Eötvös-féle népiskolai törvényt követően az iskolák segélyezésével egészült ki. Ezen állagban található a Szűkölködő Káplánok Segélyalapja is (Fundus Curatorum Egenorum'), melyet Bőle And-rás ajánlásával hoztak létre az alesperesi kerületek hozzájárulásával 1827-ben. Az első években még külön vezették a számadást, majd 1836-tól közösen az Egyházmegyei Alappal. A segélyalap 1859-ben megszűnt és beolvadt a Szűkölködő Papok Alapjába.
Az Egyházmegyei Nyugdíjalap (később Egyházmegyei Nyugdíjintézet) biztosította eredetileg a munkaképtelenné vált papok ellátását. Vagyonát a káptalan kezelte, mely négy részből állt: az alaptőke mellett állami segély, a szeminárium nyúli birtokának fölös jövedelme, a papok hagyománya és egyéb adományok. Minden papnak végrendeletileg kötelezően hozzá kellett járulnia az alaphoz. Az első világháború utáni zavaros pénzügyi helyzetben jövedelmét azonban lényegében csak ez utóbbi tette ki, ráadásul ezt is a Szent Imre egylethez utalták. A nyugdíjügyet végül 1927-ben az Egyházmegyei Zsinati Törvénykönyv rendezte. Eszerint a nyugdíjat az Egyházmegyei Nyugdíjintézet szolgáltatta, melyet csak kiegészített a Szent Imre-egylet.
Benők Mihály erdélyi kancelláriai tanácsos 1775. évi végrendeletében két alapítványt hozott létre. Az egyiket katolikus vallástú, jó magaviseletű rokon (azok hiányában más nemes származású katolikus) gyermek taníttatására, míg a másikat szegények segélyezésére. Az alapítványok kezelése és az adományozás joga a szombathelyi káptalant illette.
Egyike a két nagyobb, külön kezelt alapítványnak, melyet a Kelcz-Adelffy Árvaház javára tettek. Czuppon György (1755–1820) kanonok 1819-ben létesítette rokon tanulók neveltetésére.
Szily János már 1777-ben elérte, hogy Szombathelyen hozzanak létre egy külön papnevelő intézetet, melynek épülete 1780-ban el is készült, igaz II. József központosító politikája miatt 1783 és 1790 között szünetelt a működése. A szeminárium fenntartására Mária Terézia a Győr vármegyei Nyúl, valamint a Veszprém vármegyei Gecse és Vanyola birtokokat adományozta, melyek kezelője a püspök felügyelete alatt a káptalan volt. A törzsvagyon mellett szintén a káptalan kezelte a különböző alapokat is. A pénzügyi-gazdasági felügyeletet ellátó kanonok egyben a szeminárium rektora is volt, melynek köszönhetően a káptalan a szeminárium belső életében is meghatározó szerephez jutott. Ezt a közel másfél évszázados gyakorlatot Mikes János megyéspüspök az 1917-es új egyházi törvénykönyvre hivatkozva 1919-ben megszüntette: mindennemű gazdasági felügyeletet egy oeconomusra bízott, akinek vagyonkezelését egy gazdasági bizottság felügyelte. Ezzel a káptalan minden további felelőssége és joga megszűnt a szeminárium életében, s később is csak annyit tudott elérni Mikes lemondását követően Grősz Józsefnél, hogy a gazdasági felügyelőbizottság tagjai között ismét legyen egy káptalani tag. A régi gyakorlatot Grősz azonban csak abban az esetben lett volna hajlandó visszaállítani, ha a rektornak kinevezett kanonok az Egyházmegyei Zsinati Törvénykönyv rendelkezése szerint bent lakik a szemináriumban. Ezt azonban egyik káptalani tag sem tudta vállalni. Kompromisszumként az a döntés született, hogy a püspök a legközelebbi kanonoki üresedéskor az új rektort, Géfin Gyulát javasolja majd a Szentszéknél.
A szombathelyi székesegyház a püspökség kegyurasága alatt állt, így az épület fenntartása is a püspöki javadalmat terhelte. Az itt tartott istentiszteletek szükségleteit azonban úgy oldották meg, hogy a szeminárium nyúli uradalmának jövedelméből évi 1200 forintot kiszakítottak. Az így létrejövő törzsvagyont a káptalan kezelte, mely a későbbiekben jelentősen növekedett, elsősorban hagyatékok révén. A székesegyházi zenekar alkalmazottait három jövedelmi forrásból fizették: a muzsikus földek jövedelméből, a püspökség és a káptalan évi hozzájárulásából, valamint a zenekaralapból. Utóbbi számadásait, valamint Lipovics István olvasókanonok által 1875-ben ennek segélyezésére hagyományozott összeget a káptalan kezelte.
A magyar gyakorlat szerint a káptalan feladata volt a püspöki törzsvagyon kezelése. Ennek ellenére az erre vonatkozó iratok csak a kiegyezését követő időszakból maradtak fenn egészen 1924-ig, amikor a püspökség vette át a kezelést.
A Szűkölködő Papok Alapjának (Fundus Parochorum Egenorum) története az egyházmegye alapítása előtti évekre nyúlik vissza. Széchényi György esztergomi érsek, a korábbi győri püspök a Győri Egyházmegye részére hozott létre egy papi segélyalapot, melynek harmadát a Szombathelyi egyházmegye megalapítását követően kiszakították, és hasonló rendeltetéssel az új egyházmegyének adtak át. Az alapot a káptalan kezelte, de a segélyutalványozás joga a püspököt illette. Szenczy Ferenc püspök kezdeményezésére az alap 1859-ben megszűnt, pontosabban egyesült a Szűkölködő Káplánok Segélyalapjával, a Csődy-féle segélyalappal és a Kemenesaljái Alesperesi kerület gyűjteményével. Az alap végül 1872-ben szűnt meg, vagyona a Szent Imre Egyesülethez került.
Az Egyházmegyei Szegényalapot 1913-ban hozta létre Mikes János megyéspüspök az 1910-ben elhunyt Horváth Károly c. apát, zalaegereszegi esperes-plébános szegényharmadából. A kezelést a káptalanra bízta, de az utalványozást a püspök magának tartotta fenn. Az alap később több hagyatékkal, valamint 1927-től az Egyházmegyei Zsinati Törvénykönyv rendelkezése nyomán a végrendelet nélkül elhalt papok szegényharmadával gyarapodott.
Brenner (V.) János építész (1847–1908) családi ösztöndíjalapja. Amennyiben nem volt rokon gyermek, valamely szombathelyi középfokú iskolába járó római katolikus gyermek is megkaphatta az ösztöndíjat.
A régi katolikus városi elemi iskola 1869-es községesítését követően 1872-ben az egyházmegye egy új elemit állított fel. Az iskola törzsvagyonát a káptalan kezelte, egészen 1921-ig, mikor a fenntartást az újonnan megalakuló Szombathelyi Egyházközség vette át.
A nyugdíjas papoknak az egyházmegye alapításakor nem állt rendelkezésre külön intézet, így a szeminárium épületében kaptak helyet. A deficientia saját épülete Somogy Lipót püspök alatt, 1810-ben készült el, mely ugyan az Egyházmegyei Nyugdíjalap (később Nyugdíjintézet) tulajdonát képezte, de vagyonát külön kezelte a káptalan egyik tagja, aki egyben a háznak a gondnoka is volt.
A Szombathelyi Egyházmegyei Nyomdát 1895-ben alapították, elsősorban azzal a céllal, hogy be tudják indítani az egyházmegye politikai lapját, a Szombathelyi Újságot. Mindkettő pénzügyi felügyeletét a káptalan látta el, a fennmaradt számadások azonban rendkívül töredékesek.
A Szent Imre Egyletet 1872-ben hozták létre, mint papi nyugdíjintézetet. A régi nyugdíjalaphoz való viszonya sokáig nem volt tisztázva, idővel jelentőségében túl is nőtt rajta. A kettő egymáshoz való viszonyát végül az 1927-es Egyházmegyei Zsinat rendezte. Eszerint a papi nyugdíjat az Egyházmegyei Nyugdíjintézet szolgáltatta, melyet az egyesület csak kiegészített.
Az Egyházmegyei Segélyalap 1866-ban jött létre az Egyházmegyei Alapból, feladata az egyházmegyei papság vagy valamely más alap segélyezése volt. 1900-ban a szeminárium tartalékalapjából egy jelentősebb összeget kiszakítottak, és átadtak a Segélyalapnak, melynek legnagyobb részét azonban a püspöki elemi iskola segélyezésére kellett fordítani. Ezt a részt az iskolával együtt 1921-ben átadták a Szombathelyi Egyházközségnek.
Ezen állagba a káptalan épületeire vonatkozó, elsősorban 20. századi iratok kerültek. Emellett két régebbi kanonoki ház építésének számadásait is itt helyeztük el. Az állagban nem pusztán a szombathelyi kanonoki házakra, hanem az egyes birtokok épületeire vonatkozóan is találhatók iratok.
Az állag a Moson vármegyében található felső-illmitzi birtokra vonatkozó leveleket, instantiákat és néhány összeírást tartalmaz, melyeket valószínűleg a káptalan külön kezelt.
A gyűjteményes állagba kisebb pénztárak számadásai mellett vegyes birtokiratok, valamint a káptalan kezelése alatt álló különféle pénztárak és alapítványok (káptalani, intézményi, egyházmegyei és magán) közösen vezetett pénzügyi naplói, adósságjegyzékei kerültek.
A Káptalani Tartalékalapot 1872-ben hozták létre a nagyprépost jövedelmének negyedéből. A tartalékalapból templomokat, iskolákat (elsősorban a szombathelyi püspöki elemi iskolát) segélyeztek, illetve egyéb közcélra fordították. A háború utáni gazdasági problémák miatt jövedelme megcsappant, 1927-től pedig az alap névlegessé vált, 1936-ban meg is szűnt. A kifizetéseket ezután a dekanális pénztárból fedezték.