A káptalan régi (1855 előtti) levelezésének rendezése során négy sorozat kialakítására került sor. Az első (Correspondentiae) a püspökség megalakulását megelőző társaskáptalani időszakot öleli fel, melyben a leveleket küldő szerint, alfabetikus rendben helyeztük el. Ezek túlnyomó többsége eleve ilyen csomókban maradt fenn, de hogy ki és mikor készítette őket, nem tudjuk. A második sorozat (Litterae et Mandata) egy viszonylag rövid időt ölel fel. 1780 és 1799 között a káptalan hivatalos levelezésének egy részét iktatták, folyamatos számozással látva őket el, melyhez segédlet is készült. A harmadik sorozat (Litterae) tulajdonképpen ennek az iktatott anyagnak a kiegészítése és egyben folytatása is, mely 1777-től tart egészen 1854-ig. Az előkerült leveleket kronologikus rendben helyeztük el, darabszintű feldolgozásuk ugyanakkor még hátra van, így segédlet sem áll rendelkezésre. A negyedik sorozat (Intimata) az országos szervekkel (mindenekelőtt a Helytartótanáccsal és a Kancelláriával) való levelezést tartalmazza, melyeket az iktatott rendszer megszűnését követően a káptalan külön kezelt, segédletet azonban sajnos nem készített hozzá.
A káptalan hivatalos iratainak kezelése az 1850-es évektől jelentős változásokon ment keresztül. Az ügyiratok kezdetben a káptalani ülések jegyzőkönyvi tételeihez tartoztak, az 1870-es évek közepétől azonban a jegyzőkönyvbe mind kevesebb ügyet vezettek be és az 1880-as évekre évi néhány darabra csökkent. Ezzel párhuzamosan az iratok önálló iktatószámot kaptak, bár továbbra is jellemző maradt a tematikus alapú elhelyezés (például a püspöki törzsvagyonra, a Benők alapítványra vagy a szemináriumi birtokokra vonatkozó hivatalos iratokat is külön kezelték). Iktatókönyv azonban csak az 1890-es évek elejétől kezdve alakult ki fokozatosan a jegyzőkönyvből, s 1895-től elsősorban már ekként funkcionált.
Szily János (1735–1799); Herzan Ferenc (1755–1804); Bőle András (1763–1843); Balassa Gábor (1783–1851); Szenczy Ferenc (1800–1869)
Balog Ferenc (1775–) káldi plébános; Gitling József (1816– 1877) rábagyarmati plébános; Kálóczy Sándor (1763–1830) kenyéri plébános; Korbatits Lukács (1789–1856) németcsencsi plébános; Miklós János (1825–1900) kemenesmihályfai plébános; Németh János (1803–1868) gércei plébános; Schleger József (1755–1834) németlövői plébános; Szabó János (1817–1855) szentkirályi plébános; Szendy László (1896–1969); Szibér István (1760–1828) kemenesszentpéteri plébános; Vidos László (1840–1893) lenti plébános
Ezen állagba a káptalan épületeire vonatkozó, elsősorban 20. századi iratok kerültek. Emellett két régebbi kanonoki ház építésének számadásait is itt helyeztük el. Az állagban nem pusztán a szombathelyi kanonoki házakra, hanem az egyes birtokok épületeire vonatkozóan is találhatók iratok.
Bernáth György; Hajgathó Terézia; Kutyaro Bernárd; Sorok Borbála (Szily János unokahúga)
Az állag a Moson vármegyében található felső-illmitzi birtokra vonatkozó leveleket, instantiákat és néhány összeírást tartalmaz, melyeket valószínűleg a káptalan külön kezelt.
A gyűjteményes állagba kisebb pénztárak számadásai mellett vegyes birtokiratok, valamint a káptalan kezelése alatt álló különféle pénztárak és alapítványok (káptalani, intézményi, egyházmegyei és magán) közösen vezetett pénzügyi naplói, adósságjegyzékei kerültek.
A Káptalani Tartalékalapot 1872-ben hozták létre a nagyprépost jövedelmének negyedéből. A tartalékalapból templomokat, iskolákat (elsősorban a szombathelyi püspöki elemi iskolát) segélyeztek, illetve egyéb közcélra fordították. A háború utáni gazdasági problémák miatt jövedelme megcsappant, 1927-től pedig az alap névlegessé vált, 1936-ban meg is szűnt. A kifizetéseket ezután a dekanális pénztárból fedezték.
A 14. században alapított pápóci perjelséget a székeskáptalan megalakulását követően az ötödik stallumot viselő kanonok kapta. Az összesen 11 csomóból álló, jórészt 18. századi iratok alighanem ekkor kerültek Szombathelyre, mely sorozatot még rövid ideig folytatták. Az iratok az 1945-ös bombázás során súlyosan megsérültek, nagy részük megégett, restaurálásra szorulnak.
A Pecöli apátságra vonatkozóan mindössze egy rövid időszakból maradtak fenn elsősorban gazdasági jellegű iratok. Ezek Géfin Gyulához köthetők, aki 1946-ban lett pecöli apát.
Az állagban elsősorban a kanonokok töredékesen fennmaradt kinevezési iratai, valamint számos apáti, tanári kinevezés, illetve doktori oklevél található.
Elsősorban a káptalan birtokaival kapcsolatos pereket, köztük az úrbéri pereket tartalmazza. A jegyzőkönyvek mellett a perekhez és különböző jogi ügyekhez kapcsolódó jelentős számú levél és irat is fennmaradt, ezek szétválasztása és darabszintű rendezése azonban még várat magára. A 18. századi pereket tartalmazó köteteket a Ladula elenchusaiba is bejegyezték.
A káptalan a hiteleshelyi tevékenységből fakadó pénzügyeket külön kasszában kezelte (Cassa Sigillaris), melyben a befolyt összegek mellett vezették a felmerült kiadásokat is. Pontos létrejöttét és megszűnését nem ismerjük, a számadások évköréből mindössze következtethetünk rá.
II. József 1786-ban rendelte el az országban a földek pontos felmérését és jövedelmeik összeírását, mely a nemesi adóztatás tervezett bevezetésének első lépése volt. A káptalan uradalmai közül a lipárti felmérése valószínűleg már nem készült el.
Az 1741-ben alapított kőszegi árvaházból kinőtt híres Kelcz-Adelffy árvaház majd fiúnevelő intézethez a káptalan elsősorban annak alapítványai révén kapcsolódott, melyek az intézet vagyonállagát képezték. Később azonban fokozatosan minden anyagi dolog a káptalan hatáskörébe került. Az első ilyen, a káptalan kezelésébe kerülő nagy alapítványt Adelffy Antal, a dunántúli kerületi tábla elnöke tette 1771-ben, melyet Kelcz Imre győri kanonok alapítványa követett 1792-ben. A káptalani felügyeletet egy kanonok végezte, aki egyben az intézet kormányzója is volt. Az első kormányzó 1775-ben még Kelcz Imre győri kanonok volt, akit Zichy Ferenc győri püspök nevezett ki az intézet élére. Kelczet követően a gyakorlat annyiban módosult, hogy a Szombathelyi egyházmegye 1777-es megalakulását követően a Vasvár-Szombathelyi Székeskáptalan egyik tagja vette át ezt a szerepet. A felügyelet jellegéből adódóan az állag elsősorban gazdasági jellegű iratokat tartalmaz, emellett azonban különböző (jórészt felvételi) kérvények, régi iratok, valamint Kelcz Imre, Adelffy Antal és Ferenczy Antal után maradt iratok maradtak fenn.
A székeskáptalan a századfordulón több plébánia kegyúri terheinek megváltására letett összeget is kezelt. Eredetileg hét ilyen plébánia volt (Alszószölnök, Felsőszölnök, Kőszegszerdahely, Péterhegy, Pinkamindszent, Szőce és Vízlendva), azonban nem mindegyik iratanyaga maradt fenn. 1916-ban püspöki határozatra a káptalan az összegeket kiadta az illetékes plébániáknak.
Az Egyházmegyei Alap létesítésének pontos dátuma nem ismert, annak kialakulása valószínűleg a Helytartótanács egy 1822-es rendeletéhez köthető, mely előírta, hogy a végrendelet nélkül elhalt egyházmegyei papok egyházi harmadának kétharmad részéből egy alapot kell létrehozni az egyházmegye személyi és dologi szükségleteinek fedezésére. A Szombathelyi Egyházmegyei Alapot az első években elsősorban személyi jellegű kiadások terhelték, ezeket azonban később átvették a különböző papi segélyalapok. Ezt követően a dologi kiadások kerültek előtérbe és elsősorban a kegyúr nélküli plébániák segélyezését végezte, mely az Eötvös-féle népiskolai törvényt követően az iskolák segélyezésével egészült ki. Ezen állagban található a Szűkölködő Káplánok Segélyalapja is (Fundus Curatorum Egenorum'), melyet Bőle And-rás ajánlásával hoztak létre az alesperesi kerületek hozzájárulásával 1827-ben. Az első években még külön vezették a számadást, majd 1836-tól közösen az Egyházmegyei Alappal. A segélyalap 1859-ben megszűnt és beolvadt a Szűkölködő Papok Alapjába.
Az Egyházmegyei Nyugdíjalap (később Egyházmegyei Nyugdíjintézet) biztosította eredetileg a munkaképtelenné vált papok ellátását. Vagyonát a káptalan kezelte, mely négy részből állt: az alaptőke mellett állami segély, a szeminárium nyúli birtokának fölös jövedelme, a papok hagyománya és egyéb adományok. Minden papnak végrendeletileg kötelezően hozzá kellett járulnia az alaphoz. Az első világháború utáni zavaros pénzügyi helyzetben jövedelmét azonban lényegében csak ez utóbbi tette ki, ráadásul ezt is a Szent Imre egylethez utalták. A nyugdíjügyet végül 1927-ben az Egyházmegyei Zsinati Törvénykönyv rendezte. Eszerint a nyugdíjat az Egyházmegyei Nyugdíjintézet szolgáltatta, melyet csak kiegészített a Szent Imre-egylet.
Benők Mihály erdélyi kancelláriai tanácsos 1775. évi végrendeletében két alapítványt hozott létre. Az egyiket katolikus vallástú, jó magaviseletű rokon (azok hiányában más nemes származású katolikus) gyermek taníttatására, míg a másikat szegények segélyezésére. Az alapítványok kezelése és az adományozás joga a szombathelyi káptalant illette.
Egyike a két nagyobb, külön kezelt alapítványnak, melyet a Kelcz-Adelffy Árvaház javára tettek. Czuppon György (1755–1820) kanonok 1819-ben létesítette rokon tanulók neveltetésére.
Szily János már 1777-ben elérte, hogy Szombathelyen hozzanak létre egy külön papnevelő intézetet, melynek épülete 1780-ban el is készült, igaz II. József központosító politikája miatt 1783 és 1790 között szünetelt a működése. A szeminárium fenntartására Mária Terézia a Győr vármegyei Nyúl, valamint a Veszprém vármegyei Gecse és Vanyola birtokokat adományozta, melyek kezelője a püspök felügyelete alatt a káptalan volt. A törzsvagyon mellett szintén a káptalan kezelte a különböző alapokat is. A pénzügyi-gazdasági felügyeletet ellátó kanonok egyben a szeminárium rektora is volt, melynek köszönhetően a káptalan a szeminárium belső életében is meghatározó szerephez jutott. Ezt a közel másfél évszázados gyakorlatot Mikes János megyéspüspök az 1917-es új egyházi törvénykönyvre hivatkozva 1919-ben megszüntette: mindennemű gazdasági felügyeletet egy oeconomusra bízott, akinek vagyonkezelését egy gazdasági bizottság felügyelte. Ezzel a káptalan minden további felelőssége és joga megszűnt a szeminárium életében, s később is csak annyit tudott elérni Mikes lemondását követően Grősz Józsefnél, hogy a gazdasági felügyelőbizottság tagjai között ismét legyen egy káptalani tag. A régi gyakorlatot Grősz azonban csak abban az esetben lett volna hajlandó visszaállítani, ha a rektornak kinevezett kanonok az Egyházmegyei Zsinati Törvénykönyv rendelkezése szerint bent lakik a szemináriumban. Ezt azonban egyik káptalani tag sem tudta vállalni. Kompromisszumként az a döntés született, hogy a püspök a legközelebbi kanonoki üresedéskor az új rektort, Géfin Gyulát javasolja majd a Szentszéknél.
A szombathelyi székesegyház a püspökség kegyurasága alatt állt, így az épület fenntartása is a püspöki javadalmat terhelte. Az itt tartott istentiszteletek szükségleteit azonban úgy oldották meg, hogy a szeminárium nyúli uradalmának jövedelméből évi 1200 forintot kiszakítottak. Az így létrejövő törzsvagyont a káptalan kezelte, mely a későbbiekben jelentősen növekedett, elsősorban hagyatékok révén. A székesegyházi zenekar alkalmazottait három jövedelmi forrásból fizették: a muzsikus földek jövedelméből, a püspökség és a káptalan évi hozzájárulásából, valamint a zenekaralapból. Utóbbi számadásait, valamint Lipovics István olvasókanonok által 1875-ben ennek segélyezésére hagyományozott összeget a káptalan kezelte.
A magyar gyakorlat szerint a káptalan feladata volt a püspöki törzsvagyon kezelése. Ennek ellenére az erre vonatkozó iratok csak a kiegyezését követő időszakból maradtak fenn egészen 1924-ig, amikor a püspökség vette át a kezelést.
A Szűkölködő Papok Alapjának (Fundus Parochorum Egenorum) története az egyházmegye alapítása előtti évekre nyúlik vissza. Széchényi György esztergomi érsek, a korábbi győri püspök a Győri Egyházmegye részére hozott létre egy papi segélyalapot, melynek harmadát a Szombathelyi egyházmegye megalapítását követően kiszakították, és hasonló rendeltetéssel az új egyházmegyének adtak át. Az alapot a káptalan kezelte, de a segélyutalványozás joga a püspököt illette. Szenczy Ferenc püspök kezdeményezésére az alap 1859-ben megszűnt, pontosabban egyesült a Szűkölködő Káplánok Segélyalapjával, a Csődy-féle segélyalappal és a Kemenesaljái Alesperesi kerület gyűjteményével. Az alap végül 1872-ben szűnt meg, vagyona a Szent Imre Egyesülethez került.
Az Egyházmegyei Szegényalapot 1913-ban hozta létre Mikes János megyéspüspök az 1910-ben elhunyt Horváth Károly c. apát, zalaegereszegi esperes-plébános szegényharmadából. A kezelést a káptalanra bízta, de az utalványozást a püspök magának tartotta fenn. Az alap később több hagyatékkal, valamint 1927-től az Egyházmegyei Zsinati Törvénykönyv rendelkezése nyomán a végrendelet nélkül elhalt papok szegényharmadával gyarapodott.
Brenner (V.) János építész (1847–1908) családi ösztöndíjalapja. Amennyiben nem volt rokon gyermek, valamely szombathelyi középfokú iskolába járó római katolikus gyermek is megkaphatta az ösztöndíjat.
A régi katolikus városi elemi iskola 1869-es községesítését követően 1872-ben az egyházmegye egy új elemit állított fel. Az iskola törzsvagyonát a káptalan kezelte, egészen 1921-ig, mikor a fenntartást az újonnan megalakuló Szombathelyi Egyházközség vette át.
A nyugdíjas papoknak az egyházmegye alapításakor nem állt rendelkezésre külön intézet, így a szeminárium épületében kaptak helyet. A deficientia saját épülete Somogy Lipót püspök alatt, 1810-ben készült el, mely ugyan az Egyházmegyei Nyugdíjalap (később Nyugdíjintézet) tulajdonát képezte, de vagyonát külön kezelte a káptalan egyik tagja, aki egyben a háznak a gondnoka is volt.
A Szombathelyi Egyházmegyei Nyomdát 1895-ben alapították, elsősorban azzal a céllal, hogy be tudják indítani az egyházmegye politikai lapját, a Szombathelyi Újságot. Mindkettő pénzügyi felügyeletét a káptalan látta el, a fennmaradt számadások azonban rendkívül töredékesek.
A Szent Imre Egyletet 1872-ben hozták létre, mint papi nyugdíjintézetet. A régi nyugdíjalaphoz való viszonya sokáig nem volt tisztázva, idővel jelentőségében túl is nőtt rajta. A kettő egymáshoz való viszonyát végül az 1927-es Egyházmegyei Zsinat rendezte. Eszerint a papi nyugdíjat az Egyházmegyei Nyugdíjintézet szolgáltatta, melyet az egyesület csak kiegészített.