Az Egyházmegyei Szegényalapot 1913-ban hozta létre Mikes János megyéspüspök az 1910-ben elhunyt Horváth Károly c. apát, zalaegereszegi esperes-plébános szegényharmadából. A kezelést a káptalanra bízta, de az utalványozást a püspök magának tartotta fenn. Az alap később több hagyatékkal, valamint 1927-től az Egyházmegyei Zsinati Törvénykönyv rendelkezése nyomán a végrendelet nélkül elhalt papok szegényharmadával gyarapodott.
Brenner (V.) János építész (1847–1908) családi ösztöndíjalapja. Amennyiben nem volt rokon gyermek, valamely szombathelyi középfokú iskolába járó római katolikus gyermek is megkaphatta az ösztöndíjat.
A régi katolikus városi elemi iskola 1869-es községesítését követően 1872-ben az egyházmegye egy új elemit állított fel. Az iskola törzsvagyonát a káptalan kezelte, egészen 1921-ig, mikor a fenntartást az újonnan megalakuló Szombathelyi Egyházközség vette át.
A nyugdíjas papoknak az egyházmegye alapításakor nem állt rendelkezésre külön intézet, így a szeminárium épületében kaptak helyet. A deficientia saját épülete Somogy Lipót püspök alatt, 1810-ben készült el, mely ugyan az Egyházmegyei Nyugdíjalap (később Nyugdíjintézet) tulajdonát képezte, de vagyonát külön kezelte a káptalan egyik tagja, aki egyben a háznak a gondnoka is volt.
A Szombathelyi Egyházmegyei Nyomdát 1895-ben alapították, elsősorban azzal a céllal, hogy be tudják indítani az egyházmegye politikai lapját, a Szombathelyi Újságot. Mindkettő pénzügyi felügyeletét a káptalan látta el, a fennmaradt számadások azonban rendkívül töredékesek.
A Szent Imre Egyletet 1872-ben hozták létre, mint papi nyugdíjintézetet. A régi nyugdíjalaphoz való viszonya sokáig nem volt tisztázva, idővel jelentőségében túl is nőtt rajta. A kettő egymáshoz való viszonyát végül az 1927-es Egyházmegyei Zsinat rendezte. Eszerint a papi nyugdíjat az Egyházmegyei Nyugdíjintézet szolgáltatta, melyet az egyesület csak kiegészített.
Az Egyházmegyei Segélyalap 1866-ban jött létre az Egyházmegyei Alapból, feladata az egyházmegyei papság vagy valamely más alap segélyezése volt. 1900-ban a szeminárium tartalékalapjából egy jelentősebb összeget kiszakítottak, és átadtak a Segélyalapnak, melynek legnagyobb részét azonban a püspöki elemi iskola segélyezésére kellett fordítani. Ezt a részt az iskolával együtt 1921-ben átadták a Szombathelyi Egyházközségnek.
Balog Ferenc (1775–) káldi plébános; Gitling József (1816– 1877) rábagyarmati plébános; Kálóczy Sándor (1763–1830) kenyéri plébános; Korbatits Lukács (1789–1856) németcsencsi plébános; Miklós János (1825–1900) kemenesmihályfai plébános; Németh János (1803–1868) gércei plébános; Schleger József (1755–1834) németlövői plébános; Szabó János (1817–1855) szentkirályi plébános; Szendy László (1896–1969); Szibér István (1760–1828) kemenesszentpéteri plébános; Vidos László (1840–1893) lenti plébános
Ezen állagba a káptalan épületeire vonatkozó, elsősorban 20. századi iratok kerültek. Emellett két régebbi kanonoki ház építésének számadásait is itt helyeztük el. Az állagban nem pusztán a szombathelyi kanonoki házakra, hanem az egyes birtokok épületeire vonatkozóan is találhatók iratok.
Bernáth György; Hajgathó Terézia; Kutyaro Bernárd; Sorok Borbála (Szily János unokahúga)
Az állag a Moson vármegyében található felső-illmitzi birtokra vonatkozó leveleket, instantiákat és néhány összeírást tartalmaz, melyeket valószínűleg a káptalan külön kezelt.
A gyűjteményes állagba kisebb pénztárak számadásai mellett vegyes birtokiratok, valamint a káptalan kezelése alatt álló különféle pénztárak és alapítványok (káptalani, intézményi, egyházmegyei és magán) közösen vezetett pénzügyi naplói, adósságjegyzékei kerültek.
A Káptalani Tartalékalapot 1872-ben hozták létre a nagyprépost jövedelmének negyedéből. A tartalékalapból templomokat, iskolákat (elsősorban a szombathelyi püspöki elemi iskolát) segélyeztek, illetve egyéb közcélra fordították. A háború utáni gazdasági problémák miatt jövedelme megcsappant, 1927-től pedig az alap névlegessé vált, 1936-ban meg is szűnt. A kifizetéseket ezután a dekanális pénztárból fedezték.
A 14. században alapított pápóci perjelséget a székeskáptalan megalakulását követően az ötödik stallumot viselő kanonok kapta. Az összesen 11 csomóból álló, jórészt 18. századi iratok alighanem ekkor kerültek Szombathelyre, mely sorozatot még rövid ideig folytatták. Az iratok az 1945-ös bombázás során súlyosan megsérültek, nagy részük megégett, restaurálásra szorulnak.
A Pecöli apátságra vonatkozóan mindössze egy rövid időszakból maradtak fenn elsősorban gazdasági jellegű iratok. Ezek Géfin Gyulához köthetők, aki 1946-ban lett pecöli apát.
Az állagban elsősorban a kanonokok töredékesen fennmaradt kinevezési iratai, valamint számos apáti, tanári kinevezés, illetve doktori oklevél található.
Elsősorban a káptalan birtokaival kapcsolatos pereket, köztük az úrbéri pereket tartalmazza. A jegyzőkönyvek mellett a perekhez és különböző jogi ügyekhez kapcsolódó jelentős számú levél és irat is fennmaradt, ezek szétválasztása és darabszintű rendezése azonban még várat magára. A 18. századi pereket tartalmazó köteteket a Ladula elenchusaiba is bejegyezték.
A káptalan a hiteleshelyi tevékenységből fakadó pénzügyeket külön kasszában kezelte (Cassa Sigillaris), melyben a befolyt összegek mellett vezették a felmerült kiadásokat is. Pontos létrejöttét és megszűnését nem ismerjük, a számadások évköréből mindössze következtethetünk rá.
II. József 1786-ban rendelte el az országban a földek pontos felmérését és jövedelmeik összeírását, mely a nemesi adóztatás tervezett bevezetésének első lépése volt. A káptalan uradalmai közül a lipárti felmérése valószínűleg már nem készült el.
A 18–19 század fordulóján, majd részben a 20. század elején végrehajtott rendezés során kialakított sorozat. A 18. század végéig keletkezett iratokat kronologikus rendben a Ladula 1-3, a 18. századi (de a 19 századba is átnyúló) iratokat birtokok szerint a Ladula A-G tartalmazza. Végül ide tartozik még az a 110 vegyes irat, melyeket a századfordulón Bertalanffy Gyula őrkanonok nem tudott az általa rendezett darabok közé beilleszteni. A középkori oklevelek korábban már kiemelésre kerültek.
A káptalani ülések jegyzőkönyvei közül az első fennmaradt kötet az 1755 és 1799 közötti időszakot öleli fel, melyet a második csak 1855-től követ. A kettő közötti 55 évből mindössze néhány másolat áll rendelkezésre. Sajátos körülmény, hogy a káptalan 1855-től vezetett jegyzőkönyve alakult át fokozatosan a hivatalos iratok iktatókönyvévé és 1895-től kezdődően elsősorban már ekként funkcionált. A káptalani ülések fontosabb határozatait azonban továbbra is ide vezették be, mely módszert a későbbi köteteknél is megtartottak. A kettő (iktatókönyv és ülések jegyzőkönyve) csak 1933-tól vált külön. Az ülésekhez és az iktatókönyvekhez készült két mutató is.
Az állagba az egyes püspökök, kanonokok, plébánosok, valamint néhány világi személy hagyatéki iratai kerültek.
A káptalannak külön oklevéltára korábban nem létezett, a középkori oklevelek összegyűjtésére a második világháborút követő mikrofilmezés során került sor. Alapját a Ladula sorozat képezte, melyhez csatolták a vegyes sorozatokból előkerült okleveleket. Jelen rendezés a már korábban kialakított és elkülönített oklevéltárra nem terjedt ki. Részletes ismertetésüket Kóta Péter 1997-ben megjelent regesztakötete adja.
Az állag nagyobb részt (de nem kizárólag) a káptalan birtokain élők különféle kérvényeit tartalmazza. Három esetben az instantiákat külön gyűjtöttük: az illmitzi birtokkal, a szemináriumi birtokokkal és a Kelcz-Adelffy Árvaházzal kapcsolatos kérvények a megfelelő intézményi állagokba kerültek.
A káptalan régi (1855 előtti) levelezésének rendezése során négy sorozat kialakítására került sor. Az első (Correspondentiae) a püspökség megalakulását megelőző társaskáptalani időszakot öleli fel, melyben a leveleket küldő szerint, alfabetikus rendben helyeztük el. Ezek túlnyomó többsége eleve ilyen csomókban maradt fenn, de hogy ki és mikor készítette őket, nem tudjuk. A második sorozat (Litterae et Mandata) egy viszonylag rövid időt ölel fel. 1780 és 1799 között a káptalan hivatalos levelezésének egy részét iktatták, folyamatos számozással látva őket el, melyhez segédlet is készült. A harmadik sorozat (Litterae) tulajdonképpen ennek az iktatott anyagnak a kiegészítése és egyben folytatása is, mely 1777-től tart egészen 1854-ig. Az előkerült leveleket kronologikus rendben helyeztük el, darabszintű feldolgozásuk ugyanakkor még hátra van, így segédlet sem áll rendelkezésre. A negyedik sorozat (Intimata) az országos szervekkel (mindenekelőtt a Helytartótanáccsal és a Kancelláriával) való levelezést tartalmazza, melyeket az iktatott rendszer megszűnését követően a káptalan külön kezelt, segédletet azonban sajnos nem készített hozzá.
A káptalan hivatalos iratainak kezelése az 1850-es évektől jelentős változásokon ment keresztül. Az ügyiratok kezdetben a káptalani ülések jegyzőkönyvi tételeihez tartoztak, az 1870-es évek közepétől azonban a jegyzőkönyvbe mind kevesebb ügyet vezettek be és az 1880-as évekre évi néhány darabra csökkent. Ezzel párhuzamosan az iratok önálló iktatószámot kaptak, bár továbbra is jellemző maradt a tematikus alapú elhelyezés (például a püspöki törzsvagyonra, a Benők alapítványra vagy a szemináriumi birtokokra vonatkozó hivatalos iratokat is külön kezelték). Iktatókönyv azonban csak az 1890-es évek elejétől kezdve alakult ki fokozatosan a jegyzőkönyvből, s 1895-től elsősorban már ekként funkcionált.
Szily János (1735–1799); Herzan Ferenc (1755–1804); Bőle András (1763–1843); Balassa Gábor (1783–1851); Szenczy Ferenc (1800–1869)