Hegedűs Alajos 1809. évi lajstroma szerint azokat a nagyobb méretű vagy mennyiségű iratsorozatokat (kéziratok, térképek, tervrajzok, status domus-ok, tanári minősítések, misszilis levelek stb.), amelyek nem fértek be a levéltári szekrény kicsiny fiókjaiba (For. 1-60), külön tárolták a „belső levéltárban” (archivum interior). Ezen iratok egy része azóta külön gyűjteményes fondokba (kéziratok, térképek, tervrajzok) vagy éppen a könyvtárba került. Helyettük a régi logika szerint olyan iratsorozatokat helyeztünk el, amelyek tartalmuk szerint a tartományfőnöki levéltárhoz kell, hogy tartozzanak (pl. fogadalmak), de az 1809. évi leltárban valamiért nem szerepeltek.
Szülőknek, nagyszülőknek, tanároknak, igazgatónak, tartományfőnöknek (Bolla Mártonnak), magyarul és latinul
kiegészítés vsz. Károlyi Ferenc életrajzához
A komáromi halászat a középkorban (töredék, 1900 k.). – A komáromi vizahalászat a XVI. században (2 pld., 1897). – A bécsi halkereskedők kiváltságai Magyaroszágon 1328–tól 1714–ig (1902). –
Badics Ferenc (3 db, 1925). – Balázsfalvi Kiss József (1925). – Balogh Jenő (1931). – Bagyary Simon OSB (1908). – Bartos József SchP (2 db, 1911–1915). – Bedy Vince (1927). – Beigel István (2 db, 1910–1912). – Benyák Kálmán (1929). – Berta Ilona (Magyar Asszonyok Nemzeti Szövetsége, 1922). – Berzeviczy Albert (2 db, 1931). – Borbély Andor (1932). – Borovszky Samu (3 db, 1908–1909). – Buday Árpád (1928).
- Természettudományi napló (1839–1841). – 2. Természettudományi napló (1842). – 3. Természettudományi napló (1843). – 4. Természettudományi napló (1844–1846). – 5. Természettudományi napló (1845–1849).
kézirat Komárom megye monográfiájához
- Copia brevis Urbani VIII. creantis in locum defuncti P. Marii Sozzi in gubernatorem religionis P. Stephanum Cherubinum, cum P. Sylvestro Pietrasanta SJ mandantisque, ut eis obediant nostri religiosi, supressis interim P. Generali et assistentibus (1644). – 2-7. Litterae et ordinationes P. Joannis Garziae a Jesu praep. gen. (1656-1658) – 8. Ordinationes et declarationes, qua a maioribus superioribus ad domum Rzessoviensem pervenerunt 1657-1661 (1661). – 9-12. Litterae et ordinationes P. Camilli Scassellati a S. Hieronymo praep. gen. (1660-1663). – 13-26. Litterae et ordinationes P. Cosmi Chiara a Jesu Maria praep. gen. (1768-1771). – 27-30. Litterae et ordinationes P. Caroli Joannis Pirroni a Jesu praep. gen. (1679-1683). – 31-36. Litterae et ordinationes P. Alexii Armini a Conceptione BMV praep. gen. (1683-1690) – 37-42. Litterae et ordinationes P. Joannis Francisci Foci a S. Petro praep. gen. (1693-1696). – 43. Ordinationes pro domo Podolinensi ex actis visitationis generalis (1696). – 44. Reflexiones supra Synopsim constitutionum nostrarum quondam a pie mortuo P. Joanne Francisco a S. Petro paep. gen. in lucem edita. – 45-48. Litterae et ordinationes P. Joannis Chrys. Salistri a S. Paulo visitator gen et postea praep. gen. (1690-1711) – 49-53. Litterae et ordinationes P. Petri Francisci Zanoni a Conceptione praep. gen. (1700-1702) – 54-56. Litterae et ordinationes P. Andreae Boschi a S. Sebastiano praep. gen. (1712-1713). – 57-59. Litterae Romanae P. Joannis Caroli a S. Barbara et P. Caroli a S. Antonio ad P. Hyacinthum a S. Gregorio (1645-1648). – 60. Litterae P. Michaelis Geiselbrunner a S. Mariae ass. gen. ad P. Jacobum Weczirka a S. Barbara (1662). – 61. Copia litterarum Michaelis Krausz a Visitatione BMV ad P. Augustinum visitatorem (1696). – Az iratok között, számozás nélkül, kihajtogatva megtalálhatók az 1780-ban készült eredeti levéltári csomagolópapírok is.
Czakó Elemér (Egyetemi Nyomda, 3 db, 1925–1926). – Czeizel Gábor (1902). – Czímer Károly (5 db, 1908–1929). – Czirbusz Géza SchP (2 db, 1905/1910). – Császár Elemér (1913). – Csánki Dezső (1931). – Csobán Endre (1923).
Hidak a XVI–XVII. századi Magyarországon (tanulmánytöredék). – Az ecsedi láp eresztése a múlt században (1899). – Hajóépítők telepítése Magyarországra a 16., 17. és 18. században (1904). – A dunai hajózás a XVI. és XVII. században (1900). – Duna–csatorna terve Pest és Szolnok között 1715–ben (1902). – Csatorna terve Debrecen és a Tisza között 1727 (1904). – Kísérlet a Vág folyó hajózhatóvá tételére 1713–ban (1902).
Liber in quo continentur mandata et litterae mandata et litterae tam Patrum Generalium (1656-1688) quam Provincialium (1656-1676), item Visitationum eorundem Patrum (1656-1681), item Bulla et litterae apostolicae (1656-1750), litterae episcopales (1665-1668), litterae denique generis diversi (1750). – Kívül: Archivi Liber XVIII. in quo continentur I. Bullae Apostolicae, II. Litterae Episcoporum III. Litterae diversorum in negotiis maioris momenti.
1-12. iratok