Fasc. 1–449. (I–CDXLIX.) anyagát tartalmazza.
Fasc. 450–481. (CDL–CDLXXI.) anyagát tartalmazza.
Fasc. 482–497. (CDLXXXII–CDXCVII.) anyagát tartalmazza.
Fasc. 498–1119. (CDXCVIII–MCXIX.) anyagát tartalmazza.
Fasc. 1–1177. (I–MCLXXVII.) anyagát tartalmazza.
Fasc. 13/b., 72/80., 72/97., 138., 174., 186., 188., 190-193., 195-197., 246-248., 252-258., 288/1-11. anyagát tartalmazza.
Ebbe a sorozatba tartoznak a káptalani gyűlések során megtárgyalt ügyek jegyzőkönyvei, valamint az ezekhez készült indexek. A jegyzőkönyvekhez tartozó mellékletekkel együtt a káptalani magánlevéltár állományába tartoznak (bár a fasciculus-rendszerbe sorolásuk csak a 20. század elején történt meg), a könyebb kezelés és kutatás végett külön sorozatot képeznek úgy a jegyzőkönyvek, mint a mellékletek. A jegyzőkönyvek 1720-tól, a mellékletek 1771-től állnak rendelkezésre. Felirata ellenére az 1. sorszámú indexhez 1701–1719 között se jegyzőkönyv, se melléklet nem tartozik. Valamennyi protocollumban található index, de a 20. század elején készült külön egy kétkötetes index is az 1701–1850 közötti jegyzőkönyvekhez. A jegyzőkönyvek 1946-ig vannak vezetve, a hozzájuk kapcsolódó mellékletek 1948-ig állnak rendelkezésre. E-archivum keretében az indexek és protocollumok kutathatók, a hozzájuk tartozó mellékletek csak a Levéltárban.
A káptalani gyűlések jegyzőkönyveihez tartozó mellékletek alapvetően a Székeskáptalani Levéltár Magánlevéltárának (PEL II.1.a.), valamint a Káptalani Uradalom Levéltárának (PEL II.3.) állományába tartoznak. A hozzájuk kapcsolódó – magánlevéltári állományba tartozó – jegyzőkönyvek (PEL II.1.c.2.) azonban külön sorozatot képeznek, ezért a Magánlevéltárból és a Káptalani Uradalom Levéltárából a jegyzőkönyvekhez tartozó mellékletek/iratkötegek ki lettek emelve, és külön sorozat lett belőlük kialakítva (PEL II.1.c.1.), megtartva azonban a magánlevéltári és a káptalani uradalmi levéltári fasciculus-számukat. A mellékletek 1771-től 1948-ig állnak rendelkezésre néhány év kivételével: 1868., 1869., 1871., 1947. E-archivum keretében csak a jegyzőkönyvek érhetők el, a mellékletek nem, ezek a Levéltárban kutathatók.
Ebbe az állagba tartoznak a pécsi székeskáptalan Hiteleshelyi Levéltárának (archivum publicum) jegyzőkönyvei és segédletei.
A PEL II.2.a. állaghoz (jegyzőkönyvek és segédletek) tartozó iratanyag, amely csak helyben kutatható.
Az állag zömmel a káptalani uradalom és szerveinek számadásait tartalmazza. Összefüggő sorozatot csak az uradalom falvainak földkönyvei, catastrumai képeznek kimutatásokkal és térképekkel együtt. Jegyzékét Petrovich Ede készítette az 1950-es években.
A 20. század közepi államosítás idején néhány uradalmi gazdasági szerv (számtartóság, erdészet, mezőgazdaság) leadta a nála meglévő iratokat, amelyek zöme az 1930-as évekből való. Jegyzékét Petrovich Ede készítette az 1950-es években
Tartalmazza a papnevelő intézet belső életére vonatkozó iratokat: püspöki rendelkezéseket, személyi ügyeket, építkezési aktákat, stb., valamint a hasonló elnevezésű uradalom számadásait.
Dr. Szabó János ügyvéd iratai (66 köteg)
A káptalani jogtanácsos iratanyagának iktató-, és mutatókönyvei. Az iratanyag (PEL II.7.a.) ezer szállal kötődik a káptalani gyűlések jegyzőkönyveinek mellékleteihez (PEL II.1.c.1.), hiszen a káptalan nem egy ügyet a jogtanácsoshoz tett át véleményezésre, így a jogtanácsosi hivatalnak külön iratanyaga képződött 1923–1949 között.