A fondcsoport az egyházigazgatás során létrejött összes iratokat tartalmazza, melyeknél a fondképző az esztergomi érsek (prímás), annak segédpüspökei, vikáriusai, illetve amelyekben a gyűjteményjellegű felállítás folytán (szentszéki iratok, vizitációk) a fondképzők szerinti szétválasztás már nem lehetséges.
Batthyány József prímás az egyházkormányzati iratok rendezését 1779-ben udvari káplánjára, Stegner Istvánra bízta, majd ennek nemsokára történt távozása után Fuchs Ferencnek, a későbbi egri érseknek adta át. Fuchs komoly előkészülettel látott a munkához. Mint Andrássy Károly báró fiainak nevelője, korábban rendezte az Andrássy család betléri levéltárát, majd tanulmányozta a Magyar Udvari Kancellária és a Helytartótanács levéltári rendszerét. Ezeknek az ismereteknek birtokában végezte el a prímási egyházi levéltár rendezését 1781–1785-ben. 1786. dec. 30-án zárta le a rendezéshez és a levéltár további kezeléséhez készített útmutatóját: „Directorium et speculum pro manipulantibus Archivum Ecclesiasticum” címen. A prímás életében a Fuchs megteremtette rendszert folytatták tovább. A későbbi iratokhoz további segédletek készültek, Jordánszky Elek levéltáros pedig az addigi lajstromkönyvek alapján a század végén összesítő elenchust is készített. (A rendezésre vonatkozó iratok: Batthyány prímás iratai, Prot. I, Intr. No. 818; Prot. III, Intr. No. 17, 18, 20.)
A prímás utasítása értelmében Fuchs a helytartótanács irattári rendszerét vette alapul. Ennek „departamentum”-ait nyolc „kategóriá”-val helyettesítette. Ezeken belül a helytartótanácsi iratok kisebb tárgyi csoportjait jelentő „fontes” megfelelői a „numeri”, s az ottani „positiones” párhuzamai pedig a „numeri subalterni”. A kategóriák megállapítása után Fuchs az egyházi levéltár iratait két részre osztotta. A Barkóczy prímás haláláig (1765) bezárólag terjedő iratok az Archivum Vetus, a Batthyány érseksége alatt (1776-tól) keletkezett iratok az Archivum Novum nevet kapták. A kategóriákat a „régi” levéltárban a lehetőség szerint, „újban” pedig többé-kevésbé következetésen alkalmazva, Fuchs ezek alapján rakta pontosabb rendbe az iratokat, és készítette el a lajstromkönyveket.
A Directorium szerint a kategóriák és a bennük foglalt tárgykörök a következőképpen alakultak ki:
I. Acta publico-eceleasiastoica. Ide tartoznak azok az iratok, amelyeket egyházi vagy politikai hatóságok küldték meg az esztergomi érseknek különfélé tárgyakban, mert ezek egyházi ügyeket, helyeket vagy személyeket, suffraganeus vagy más püspököket, világi és szerzetes papokat, esetleg pusztán világi ügyeket is illettek, vagy pedig csak véleményezés végett kerültek a prímáshoz. Ide sorozták be az -I-III. kategória tárgyaira vonatkozó helytartótanácsi leiratokat és az általános érdekű alapítóleveleket is. A kategória jele az egykorú indexben P. E.
II. Acta fundationalia (fundationes ecclesiasticae, fundationes saeculares). Egyházi alapítványokon (fundationes esalesiastisae) azokat az alapítványokat értették, melyek a templomok javadalmazására, misékre, ájtatosságokra, a javadalmasoknak vagy szerzeteseknek eltartására, végül tanuló vagy megrokkant papok ellátására szolgáltak. Az ezekre vonatkozó iratok jele az indexben: F. E.
Világi alapitványokon (fundationes saeculares) azokat értették, amelyek egyházi kezelésben, de világi (felnőtt, vagy zsengekorú) személyek javadalmazására és ellátására szolgáltak, amilyenek a konviktusok, korházak, szegényházak, árvaházak és más egyedül, vagy közösen élő szegények részére tett alapítványok. Ide tartozik a tanulmányokra vagy az iskolákra vonatkozó iratok is. Jelük az indexben: F. S., ahol pedig külön oktatásügyi kategóriát állitottak fel, ott: De studiis et scholis.
III. Acta religionario-ecclesiastica et religionaria. Vallásügyi iratoknak (acta religionario-ecclesiastica) azokat tekintették, amelyeknek tárgyai a hit, az újabb tanitások, a szentségek, a szertartások, felmentések (nem katolikusoknak is) formahibás házasságok, helytelenül feladott keresztség voltak. Ide sorolták az apostaták ügyeit is. Az iratok jele az indexben: R. E.
Az előbbi alcsoporttól élesen el nem választott, elvileg másfajta vallásügyi iratok (acta religionaria) tárgya a nem katolikusok: protestánsok, görök keletiek, izraeliták vallásoktatása, vallásgyakorlata, lelkészeik kiszállásai a nem artikuláris helyekre, továbbá a lelkészek és iskolamesterek ügyei, esetleges kihágásai is. Az ezekre vonatkozó iratok jele az indexben: R.
IV. Acta qua ad primatem. Olyan személyek levelei, akik a prímást bizonyos ügyekben megkérdezték vagy kérdéssel fordultak hozzá, a nekik adott válaszokkal, de csak olyanokéi, akik az esztergomi főegyházmegye keretein kivül estek, vagy (püspököknél) nem voltak az esztergomi érsek suffraganeusai, vagy (ha a főegyházmegye kötelékébe tartoztak is) a felvetett ügy nem érintette a főegyházmegyét. Ilyen levelezés folyt pl. a kalocsai érsekkel, a boszniai (djakovári), csanádi, nagyváradi (latin szertartású), az erdélyi, vagy valamelyik külföldi püspökkel, illetve ezek káptalanaival, plébánosaival, egyházmegyéjükben élő szerzetesekkel vagy világiakkal, továbbá a kiváltságos szerzetesekkel, apátokkal és prépostokkal, szerzetes tartományfőnökökkel, továbbá vármegyékkel, városokkal, községekkel, vagy magánszemélyekkel, akiknek ügyei semmilyen vonatkozásban nem érintették a főegyházmegyét, inkább csak közvetítés végett jutottak a prímáshoz. Végül ide sorolták a felsőfokú egyházi biróság (forum superrevisorium) elé fellebbezett pereket és a velük kapcsolatos beadványokat, panaszokat, jelentéseket is. A kategória jele az indexben: Prim.
V. Acta suffraganeorum. Azt a levelezést sorolták ide, melyét a prímás a kormányszékek befolyása nélkül folytatott a suffraganeus megyéspüspökökkel, ezek helynökeivel, szentszékeivel vagy káptalanaival, illetve azokkal a panaszosokkal, akik a fentiekhez tartozó ügyekben valamilyen kegyet vagy igazságot kértek. A kategória jele az indexben: Suffr.
VI. Acta intraneorum. Az esztergomi főegyházmegye területén belül lévő személyek, helyek és tárgyak iratait sorolták ide, melyekre a kormányszékeknek nem volt befolyásuk; az ügyintézés kezdettől végig az egyházmegyén belül folyt le. Ide tartoznak a helynökökkel (a nagyszombatival és az esztergomival), a káptalanokkal, esperesekkel, plébánosokkal, szerzetesekkel , közületekkel vagy magánosokkal váltott levelek, melyek tárgyilag az érsek kormányzatát illető dolgokkal foglalkoznak. Itt kaptak helyet az egyházlátogatások (visitationes canonicae) iratai is. Azokat az iratokat azonban, amelyek a főegyházmegyén belül felmerült alapítványi vagy vallásgyakorlati kérdésekre vonatkoztak, az Acta fundationalia ill. Acta religionaria kategóriákba sorolták be. A kategória jele az indexben: Intr.
VII. Acta extraneorum seu miscellanea. Más egyházmegyében vagy külföldön keletkezett iratok, melyekre az esztergomi érsek ebben a minőségében nem tett befolyást, vagy amelyek nem érintették a főegyházmegyét, illetve olyan iratok, melyeket tudomásulvétel végett közöltek a prímással, vagy éppen ő hozott magával abból az időbél, amikor még más egyházmégye élén állt. Így ebben a kategóriában találhatók Barkóczy Ferencnek mint egri püspöknek ügyviteli jegyzőkönyvei, és egyéb iratai, Batthyány József bíboros érseknek szombathelyi préposti, erdélyi püspöki vagy kalocsai érseki minőségében keletkezett iratai. Ezek között számos olyan is van, amely Migazzi bíborostól származik, de az ennek (váci püspökségén alapuló) suffraganeusi minőségén kivül eső ügyekben. Fuchs Directóriuma megjegyzi, hogy Batthyány széles körű gyűjtőtevékenységére való tekintettel az egyébként az Archivum Vetus időkörébe eső Acta extranea-t is az Archivum Novum-ba osztották be, erre tehát a kutatásnál figyelemmel kell lenni. A kategória jele az indexben: Extr.
VIII. Acta Commissionis Ecclesiasticae. II. József 1782. szeptember 10-i rendelete alapján a Helytartótanács kebelében egyházi bizottság alakult, mely a prímás elnöklete alatt működött. A bizottság ügykezelésében keletkezett, és Batthyány kezébe jutott iratok szamára külön kategóriát állítottak fel. Megjegyzendő azonban, hogy ezek nem ordinariusi minősége folytán és nem a prímási irodán keresztül kerültek a levéltárba. A bizottság működésének különös tárgyai voltak az alapítványok, a klérus jövedelmének nyilvántartása, a szerzetesrendek felosztása, plébániák alapítása és regulációja, a püspökségek rendezése, a tanuló és munkaképtelenné vált papok ellátása, az egyetemes szemináriumok fenntartása, a régi egyházi fegyelemnek a jozefinus beavatkozás hatására történt visszaállítása, továbbá ugyanennek következtében tett intézkedések az istentiszteletnek, a templomoknak, körmeneteknek, ereklyéknek, búcsúknak stb. szabályozására. A kategória természetesen csak az Archivum Novumban volt található, később azonban itt megszüntették, és ma a Batthyány kormányzatát meghaladó időt átfogó külön gyűjtemény (I.10. fond) Az elenchus és az index ezeket az.iratokat is feltünteti, jelük: C. E.
