Szentszéki iratokból kiemelt magánlevelezése, mely egyenkénti átnézéssel kutatható.
Bánffy TeréziaLevelezés 1852–1863.
Haynald LajosVegyes személyi iratok.
Kovács Miklós (püspök)-
Levelei 1780–1799.
-
Hozzá írt óda 1780 körül.
-
Vizitációk alkalmával mondott beszédei 1781–1787.
Boldoggá avatására vonatkozó iratok (1724–1796).
Kelemen DidákSzemélyes levelek.
Gazdasági iratok, családtörténet, oklevelek, levelek.
Csűrös családFotók, vegyes.
Székfoglalók, előadások.
Irodalmi jegyzetek.
Gazdasági jellegű iratok (számlák, nyugták) 1802, 1827, 1838–1885.
Elaboratum 1899. Levelezések 1902.
A hatodik fondcsoportban a különböző egyházi személyek hagyatékát helyeztük el. Különböző anyagokból a rendezés során egyre több kisebb-nagyobb hagyaték került elő. Közöttük Erdély történetében kiemelkedő szerepet játszó személyek is vannak, csakúgy, mint kevésbé fontosak. A rendezés során a 0,05 ifm-nél nagyobb iratanyagokat még önálló fondokban helyeztük el, az ennél kisebb töredék iratokból egy közös, gyűjteményes jellegű fondot alakítottunk ki.
A Gyulafehérváron működő fiúnevelő intézet hivatalosan nem volt a gimnázium intézménye. Annyira kevés irata maradt meg, hogy ezt a töredéket itt helyeztük el.
A máshová be nem sorolható iratokból alakítottuk ki ezt az állagot és a lényeges információkat közöljük az egyes raktári egységeknél. Kutatás csak az iratanyag egyenkénti átnézésével lehetséges.
Ebbe az állagba azokat a kötetes anyagokat soroltuk be, amelyekből nem látszott indokoltnak önálló állagokat alakítani. Elsősorban a tánári gyűlések jegyzőkönyveit és a Katolikus Kör jegyzőkönyvét ajánljuk a kutatók figyelmébe. Érdekes még a Mária Kongregáció tagnévsora, amely 1743-tól megmaradt.
Az 1920-as évektől kezdve az előzőtől eltérő osztálynaplókat vezettek, amelyek az államosításig rendelkezésre állnak.
Az anyakönyvek mellett különféle típusú tanulmányi nyilvántartásokat is őriz a levéltár. Az osztálykönyvek csak a dualizmus korának első feléből maradtak meg. Időrendben kutathatók.
Az iskola anyakönyvei a szabadságharc utáni újrakezdéstől egészen az államosításig gyakorlatilag hiánytalanul maradtak meg. Különösen fontos művelődéstörténeti forrás, mivel az iskola nemzetiségi szempontból rendkívül heterogén volt, tehát szociológiai és társadalomtörténeti kutatások alapját képezheti. A kötetek időrendben kutathatók.