A káptalan újkori történetének legfontosabb forrásai az 1697 és 1815 között lefolytatott hat vizitáció, melyek egyben a káptalan statútumait is tartalmazzák. Utóbbiakat külön általában nem adták ki, mindössze a Somogyi Lipót-féle maradt fenn önálló formában is.
A káptalanok a rendi országgyűlések alsótábláján képviseltethették magukat. Az erre vonatkozó iratokat valószínűleg külön kezelte a káptalan. Az állag az országgyűlési munkára vonatkozó vegyes iratok mellett beszédeket, tudósításokat, a kiadott törvényeket és rendeleteket, valamint az országgyűlési jegyzőkönyveket és irományokat tartalmazza.
Az állagban elsősorban a kanonokok töredékesen fennmaradt kinevezési iratai, valamint számos apáti, tanári kinevezés, illetve doktori oklevél található.
Elsősorban a káptalan birtokaival kapcsolatos pereket, köztük az úrbéri pereket tartalmazza. A jegyzőkönyvek mellett a perekhez és különböző jogi ügyekhez kapcsolódó jelentős számú levél és irat is fennmaradt, ezek szétválasztása és darabszintű rendezése azonban még várat magára. A 18. századi pereket tartalmazó köteteket a Ladula elenchusaiba is bejegyezték.
A káptalan a hiteleshelyi tevékenységből fakadó pénzügyeket külön kasszában kezelte (Cassa Sigillaris), melyben a befolyt összegek mellett vezették a felmerült kiadásokat is. Pontos létrejöttét és megszűnését nem ismerjük, a számadások évköréből mindössze következtethetünk rá.
II. József 1786-ban rendelte el az országban a földek pontos felmérését és jövedelmeik összeírását, mely a nemesi adóztatás tervezett bevezetésének első lépése volt. A káptalan uradalmai közül a lipárti felmérése valószínűleg már nem készült el.
A Szent Imre Egyletet 1872-ben hozták létre, mint papi nyugdíjintézetet. A régi nyugdíjalaphoz való viszonya sokáig nem volt tisztázva, idővel jelentőségében túl is nőtt rajta. A kettő egymáshoz való viszonyát végül az 1927-es Egyházmegyei Zsinat rendezte. Eszerint a papi nyugdíjat az Egyházmegyei Nyugdíjintézet szolgáltatta, melyet az egyesület csak kiegészített.
Az Egyházmegyei Segélyalap 1866-ban jött létre az Egyházmegyei Alapból, feladata az egyházmegyei papság vagy valamely más alap segélyezése volt. 1900-ban a szeminárium tartalékalapjából egy jelentősebb összeget kiszakítottak, és átadtak a Segélyalapnak, melynek legnagyobb részét azonban a püspöki elemi iskola segélyezésére kellett fordítani. Ezt a részt az iskolával együtt 1921-ben átadták a Szombathelyi Egyházközségnek.
Ege Miklós kőszegi ügyvéd 1884-ben tett alapítványa. Ennek kamatjövedelme eleinte özvegyét illette, majd annak 1913-as halálát követően lépett életbe az alap a Kőszegi, Felsőőri és Németújvári járás németajkú tanítói részére, valláskülönbség és az iskola jellegére való tekintet nélkül.
Eölbey János (1759–1820) nagyprépost és Kovacsics József (1792–1874) nyugalmazott csehimindszenti plébános szegényalapítványainak közösen vezetett számadása. Előbbit a székeskáptalan saját belátása szerint osztotta ki, utóbbi azon plébániák részére utalták ki, ahol Kovacsics élete során működött (Csehimindszent, Nárai, Nagykölked).
Gludovácz József kir. tanfelügyelő 1798-as végrendeletében tett szegényalapítványa, melyet Horváth Zsigmond 1808-ban egy jelentősebb összeggel megnövelt. Ettől kezdve az adományozás joga a Horváth családot illette (Szentgyörgy, Hegyfalu, Petőháza és Szenttamás földbirtokosai). A család az 1850-es években azonban tönkrement, és elvesztette befolyását az alapítványra, ezt követően a káptalan jelölte ki azokat, akik a kamatokat élvezték.
Krancsics József (1789–1853) kanonok 1852-ben tett két alapítványt. A nagyobbik egy családi ösztöndíjalap, a kisebbik pedig egy tanítóalap volt három Vas megyei római katolikus falusi iskolai tanítók részére.
Megyery Mátyás csázmai (ma: Horvátország) kanonok által 1831-ben tett családi ösztöndíjalapítvány. Amennyiben rokon tanuló nem jelentkezett, a káptalannak joga volt más, nem rokon tanulónak is odaadni az ösztöndíjat.
Séllyey Terézia lórántházai birtokos által tett alapítvány, melynek jövedelmeit az alapítványi birtok adta. Célja egyrészt a Tófej-Lórántházai plébánia felállítása és egy templom építése volt (ezek 1933-ban valósultak meg), valamint a fenntartásból fennmaradó részből egy árvaház felállítása.
Dr. Tauber Sándor (1868–1935) kanonok 1921-ben alapított segélyalapja egyházmegyei szegény sorsú áldozópapok részére.
Varga János győri kanonok 1851-es végrendeletében létrehozott alapítványa vasvári szegények (elsősorban özvegyek és tűzkárosultak) segélyezésére, valamint gyermekeik taníttatására az ottani elemi iskolában. Emellett nővérei, Varga Erzsébet és Varga Judit fiainak taníttatását is ebből az alapból kellett fedezni.
Boross István nagyprépost alapítványa a gasztonyi tanítók javára
Festetich Rezső alapítványa a csehimindszenti iskolás gyerekek javára
Feszl Mihály alapítványa a lödősi iskolás gyerekek javára
Németh János felsőoszkói plébános alapítványa az ottani iskolamester javára
Egy katolikus leányiskola alapítása érdekében Hidassy Kornél megyéspüspök hozott létre egy külön alapot, melyet 1895-ben a káptalan kezelésére bízott. A domonkos nővérek szombathelyi leányiskolája végül 1906-ban valósult meg.
Ebbe az állagba az alapítványokról vezetett vegyes pénztárkönyvek, vegyes számadások, valamint a Batthyány Károly-féle alap töredékes iratai kerültek.
Eölbey János (1759–1820) kanonok, nagyprépost néhány személyes irata mellett hagyatékával, valamint családjával kapcsolatos iratok, levelezések. A család birtokos volt Sében és Meszlenben, amelyről jórészt Eölbey Tamás és Antal révén maradt fenn négy csomónyi irat.
A káptalan régi (1855 előtti) levelezésének rendezése során négy sorozat kialakítására került sor. Az első (Correspondentiae) a püspökség megalakulását megelőző társaskáptalani időszakot öleli fel, melyben a leveleket küldő szerint, alfabetikus rendben helyeztük el. Ezek túlnyomó többsége eleve ilyen csomókban maradt fenn, de hogy ki és mikor készítette őket, nem tudjuk. A második sorozat (Litterae et Mandata) egy viszonylag rövid időt ölel fel. 1780 és 1799 között a káptalan hivatalos levelezésének egy részét iktatták, folyamatos számozással látva őket el, melyhez segédlet is készült. A harmadik sorozat (Litterae) tulajdonképpen ennek az iktatott anyagnak a kiegészítése és egyben folytatása is, mely 1777-től tart egészen 1854-ig. Az előkerült leveleket kronologikus rendben helyeztük el, darabszintű feldolgozásuk ugyanakkor még hátra van, így segédlet sem áll rendelkezésre. A negyedik sorozat (Intimata) az országos szervekkel (mindenekelőtt a Helytartótanáccsal és a Kancelláriával) való levelezést tartalmazza, melyeket az iktatott rendszer megszűnését követően a káptalan külön kezelt, segédletet azonban sajnos nem készített hozzá.
A káptalan hivatalos iratainak kezelése az 1850-es évektől jelentős változásokon ment keresztül. Az ügyiratok kezdetben a káptalani ülések jegyzőkönyvi tételeihez tartoztak, az 1870-es évek közepétől azonban a jegyzőkönyvbe mind kevesebb ügyet vezettek be és az 1880-as évekre évi néhány darabra csökkent. Ezzel párhuzamosan az iratok önálló iktatószámot kaptak, bár továbbra is jellemző maradt a tematikus alapú elhelyezés (például a püspöki törzsvagyonra, a Benők alapítványra vagy a szemináriumi birtokokra vonatkozó hivatalos iratokat is külön kezelték). Iktatókönyv azonban csak az 1890-es évek elejétől kezdve alakult ki fokozatosan a jegyzőkönyvből, s 1895-től elsősorban már ekként funkcionált.
A Káptalani Tartalékalapot 1872-ben hozták létre a nagyprépost jövedelmének negyedéből. A tartalékalapból templomokat, iskolákat (elsősorban a szombathelyi püspöki elemi iskolát) segélyeztek, illetve egyéb közcélra fordították. A háború utáni gazdasági problémák miatt jövedelme megcsappant, 1927-től pedig az alap névlegessé vált, 1936-ban meg is szűnt. A kifizetéseket ezután a dekanális pénztárból fedezték.
A 14. században alapított pápóci perjelséget a székeskáptalan megalakulását követően az ötödik stallumot viselő kanonok kapta. Az összesen 11 csomóból álló, jórészt 18. századi iratok alighanem ekkor kerültek Szombathelyre, mely sorozatot még rövid ideig folytatták. Az iratok az 1945-ös bombázás során súlyosan megsérültek, nagy részük megégett, restaurálásra szorulnak.
A Pecöli apátságra vonatkozóan mindössze egy rövid időszakból maradtak fenn elsősorban gazdasági jellegű iratok. Ezek Géfin Gyulához köthetők, aki 1946-ban lett pecöli apát.
A régi katolikus városi elemi iskola 1869-es községesítését követően 1872-ben az egyházmegye egy új elemit állított fel. Az iskola törzsvagyonát a káptalan kezelte, egészen 1921-ig, mikor a fenntartást az újonnan megalakuló Szombathelyi Egyházközség vette át.
A nyugdíjas papoknak az egyházmegye alapításakor nem állt rendelkezésre külön intézet, így a szeminárium épületében kaptak helyet. A deficientia saját épülete Somogy Lipót püspök alatt, 1810-ben készült el, mely ugyan az Egyházmegyei Nyugdíjalap (később Nyugdíjintézet) tulajdonát képezte, de vagyonát külön kezelte a káptalan egyik tagja, aki egyben a háznak a gondnoka is volt.
A Szombathelyi Egyházmegyei Nyomdát 1895-ben alapították, elsősorban azzal a céllal, hogy be tudják indítani az egyházmegye politikai lapját, a Szombathelyi Újságot. Mindkettő pénzügyi felügyeletét a káptalan látta el, a fennmaradt számadások azonban rendkívül töredékesek.
Özv. Festetits Dénesné (született Zichy Karolina) grófnő 1905-ben két alapítványt tett. A nagyobbikat az általa 1901-ben alapított és a Szent Kereszt Irgalmas Nővérekre bízott szentkirályi óvoda és női kézimunka iskola működése javára, a kisebbiket pedig egy szegény leánynak a szombathelyi zárdában való taníttatására. Németh Béla szombathelyi pénzügyi titkár és Széll János (1820–1909) nyugalmazott zalabéri plébános 1900-ban, illetve 1902-ben tett alapítványai a zalaegerszegi apácazárda javára.
Grosz Mihály (1807–1873) c. kanonok, felsőszilvágyi plébános 1873-ban tett ösztöndíjalapja két rokon fiú számára.
Köves Antal (1811–1886) kanonok által létesített családi ösztöndíjalap, melynek kamataiból két iskolai ösztöndíjat fedeztek rokon gyermekek számára.
Laky János (1776–1854) szombathelyi plébános 1849-ben tett családi ösztöndíjalapítványa. Kamatait egy rokon tanuló, annak hiányában pedig valamely a szombathelyi gimnáziumban tanuló vidéki ifjú élvezte.