Az addig egységesen kezelt levéltárat Batthyány József prímás választotta ketté. Az egyház birtokaira és gazdasági ügyvitelére vonatkozó okleveleket és iratokat Archivum saeculare néven, Jelencsics, majd Dvornikovics levéltárosok munkájával külön rendeztette; ugyanakkor intézkedett az egyházkormányzati iratok rendezéséről is. A munkát 1779-ben udvari káplánjára, Stegner Istvánra bízta, s ennek nem sokára történt távozása után Fuchs Ferencnek, a későbbi egri érseknek adta.
Fuchs komoly előkészülettel látott a munkához. Egyik jelentésében írja, hogy – mint Andrássy Károly báró fiainak nevelője – rendezte az Andrássy család betléri levéltárát, majd tanulmányozta a magyar udvari kancellária és a helytartótanács levéltári rendszerét. Ezeknek az ismereteknek birtokéban végezte el a prímási egyházi levéltár rendezését 1781–1785-ben. 1786. december 30-án zárta le a rendezéshez és a levéltár további kezeléséhez készített útmutatóját: <i>Directorium et speculum pro manipulantibus Archivum Ecclesiasticu</i> címen. A primás életében a Fuchs megteremtette rendszert folytatták tovább. A későbbi iratokhoz további segédletek készültek, Jordányszky Elek levéltáros pedig az addigi lajstomkönyvek alapján a század végén összesítő elenchust is készített. (A rendezésre vonatkozó, iratok: Batthyány prímás iratai Prot. I, No. 818; Prot. III, Intr. No. 17, 18, 20.)
A prímás utasítáa értelmében Fuchs a helytartótanács irattári rendszerét vette alapul. Ennek „departamentumait” nyolc „kategóriával helyettesítette. Ezeken belül a helytartótanácsi iratok kisebb tárgyi csoportjait jelentő „fontes” megfelelői „numeri”, s az ottani „positiones” párhuzamai a „numeri subalterni”. A kategóriák megállapítása után Fuchs az egyházi levéltár iratait két részre osztotta. A Barkóczy prímás haláláig (1765) bezárólag terjedő iratok az Archivum vetus, a Batthyány érseksége alatt (1776-tól) keletkezett iratok az Archivum novum nevet kapták. A kategóriákat a „régi levéltárban a lehetőség szerint, az „újban” pedig többé-kevésbé következetesen alkalmazva, Fuchs ezek alapján rakta pontosabb rendbe az iratokat, és készítette el a lajstromkönyveket.
A fondcsoport a prímási birtokok gazdasági pénzügyi, erdészeti, stb. kezelése során létrejött iratokat tartalmazza, ide értve az említett jogbiztositó okmányokat, urbáriumokat, érseki nemesi széki jegyzőkönyveket, a jószágkormányzóság, jószágigazgatóság, főerdőhivatal, építési hivatal és számvevőség iratait.
Ezeket az 1780-as évek elején, Batthyány József prímás alatt választották el az egyházkormányzati iratoktól. Ekkor alkották meg pl. a gyökeres jogokra vonatkozó oklevelek, iratok gyűjteményét (Acta radicalia), más fontos jogbiztosító és birtokkezelési iratokat pedig kötet formáljuk alapján soroltak együvé (Acta protocollaria).
A szerzetesi fogadalom saját kezűleg írott szövegét eleinte a noviciátusi rendházakban őrzött kötetekbe másolták (II.1, Lib. 2, 9; II.2, Lib. 7, 9-10). Előfordult azonban, sőt egyre gyakoribbá vált, hogy a fogadalomtétel nem a noviciátusi rendházban történt. Ezeket a fogadalmakat egyes rendházakban szintén kötetekbe másolták (pl. II.6, Lib. 6), vagy elküldték a tartományfőnökségnek. Ez idővel egyre gyakoribbá vált, de rendtartományi levéltár sorozata csak az 1820-as évektől nevezhető teljesnek. (A debreceni rendház levéltárában megmaradt fogadalomszövegeket például csak a fond 2009. évi rendezése során helyeztem ide.) A fogadalmak időrendi sorrendben vannak a hozzájuk tartozó kérvényekkel (amelyekben a jelölt kéri a tartományfőnököt, hogy letehesse a fogadalmat), orvosi bizonyítványokkal és vagyonleondó nyilatkozatokkal együtt. Ebbe az alsorozatba kerültek a fogadalmakat megelőző szavazások (scrutinia) jegyzőkönyvei is, amelyek során a rendház tagjai fekte és fehér golyókkal döntöttek a novíciusok és az örökfogadalom előtt álló növendékek erkölcsi és tanári alkalmasságáról. Végül itt találhatók a szerzetesek keresztelési és pappá szentelési bizonyítványai is. A korábbi levéltári leltárakban ezek egyike sem szerepelt
Bölcselet-tanfolyami és egyetemi jegyzetek
ff. 1-8. „Prolegomena in Philosophiam.”
ff. 9-26. „De Criteriis Veritatis.”
ff. 27-52. Physica generalis.
ff. 53-68. Institutiones Physicae.
ff. 69-104. „Mechanica Solidorum.”
ff. 105-114. „Propositiones ex Architectura.”
ff. 115-134. „Propostitiones ex Hydrotechnia.”
ff. 135-146. „Hydrotechnia.”
ff. 147-154. „Hydrotechnia.”
ff. 155-170. „Elementa Hydrotechniae.”
ff. 171-193. Vegyes jegyzetek.
ff. 194-207. „Philologia seu literatura Romana.”
ff. 208-231. „Archaeologia.” („E Praelectionibus Cl. D. [Aloisii] Stipsics.” Pest, 1802-1815 között.)
ff. 232-235. „Regulae de omittendis Particularis Postquam, Si, nisi etc.”
ff. 236-239. Heraldica.
ff. 240-281. Historia naturalis.
ff. 282-285. „Geographia Transylvaniae.”
ff. 286-309. Oeconomia.
f. 310. „De Pontibus.”
ff. 311-350. Vegyes jegyzettöredékek.
Melléklet: Takáts István matematika vizsgatétele. (1810-1811 között.) 1 f.