Az Abaúj megyei Kiskéren született 1812. jún. 25-én. Apja 1820-tól Boldogkőújfalura költözött, ahol csizmadia mesterségéből élt, de szőlőt és gyümölcsöt is termesztett. Őt magát csak későn küldték iskolába. Tizennégy éves korától, 1826-tól a sátoraljaújhelyi, majd 1828-tól a kisszebeni piaristáknál tanult szolgadiákként. 1832-ben, húsz éves korában jelentkezett a piarista rendbe. A noviciátus után 1833-től két évig Breznóbányán tanított, utána Vácott, Nyitrán és Szentgyörgyön végezte filozófiai és teológiai tanulmányait. 1837-ben nyitrai piarista növendéktársaival megalakították a Zobori Magyar Egyesületet, amely a piarista növendékek magyar nyelvű önművelését szolgálta. Pappá szentelése (1840. júl. 26.) után elöljárói Máramarosszigetre küldték tanítani.
Eközben egyre inkább a természetkutatás vált igazi szakterülete és szenvedélyévé. Már gyermekkorában is madarászott és gombászott, piarista növendék évei alatt pedig a nyári szünetekben Almásy Manó fiaival együtt járta be az országot. Sorsdöntő hatással volt rá, hogy megismerhette a magyar reformkor néhány kiváló természetkutatóját és gyűjteményeiket: Breznóbányán Sterba János erdőmestert, akiknek gyönyörű preparált állatai voltak, Nyitrán Láng Adolf gyógyszerészt, aki az ottani madárvilág legjobb ismerője volt, Szentgyörgyön pedig Bolla János tanítót, a virágtalan növények kutatóját. Máramarosban már szakszerűen és céltudatosan kutatott. „A nyugnapokon csak Sziget környékén tettem kirándulásokat, de a szünnapokban az egész megye havasait is több ízben összejártam, a természet három országából mindazt, mit csak lehetett, összegyűjtöttem, s az érdekes megye nevezetességeit följegyeztem”.
Hamarosan olyan gyűjteményre tett szert, amilyenre a magyar piaristák közül sem addig, sem később senki sem. Amikor 1840-ben Máramarosszigetre érkezett, már 424 bogarat, 41 csigát és 222 szárított növényt vitt magával. A rohamosan gyarapodó gyűjteményt 1841-ben Grosser János tartományfőnök is megszemlélte. Egyedül a növénygyűjtemény, amely a pesti piarista gimnáziumba, majd onnét 1950-ben a Magyar Természettudományi Múzeumba került, több, mint 3500 lapból áll.
Kutatásait Máramaros vármegye természetrajzi tekintetben című könyvében készült összegezni, azonban nem készült el vele, mert belekezdett egy magyar nyelvű gimnáziumi természetrajz tankönyvbe is. Ezért a rend vezetése 1844-ben Vácra, majd a következő évben a pesti gimnáziumba küldte tanítani, hogy az ottani könyvtárak segítségével hatékonyabban dolgozhasson. A Természetrajz elemei című tankönyve 1845-ben jelent meg első ízben. Ezzel párhuzamosan egy bővebb, korszerű természetrajzi kézikönyvbe is belekezdett, amely a külföldi szakirodalom kritika nélküli átvétele helyett saját megfigyeléseire és tapasztalataira támaszkodott. Az emlősök és madarak osztályait bemutató kötet 1846-ban jelent meg, és Hanák nevét országosan ismertté tette.
Mindig jókedvű, élvezetesen beszélgető, érdekesen magyarázó, szívesen daloló, könnyen és gyorsan barátkozó tanár volt, aki nemcsak diákjai között lett népszerű, hanem megtalálta tudós társait is, személyesen vagy levelezés útján. 1841-ben a Királyi Magyar Természettudományi Társulat, 1846-tól pedig a Magyar Tudományos Akadémia tagja lett, és rendszeresen részt vett a Magyar Orvosok és Természetvizsgálók vándorgyűlésein
Széleskörű tevékenysége miatt a reformkor végén ő is kezdte szűknek kezdte érezni a szerzetesi élet kereteit. Ezért az 1848. évi forradalom után azokhoz csatlakozott, akik egyházi téren is reformokat sürgettek. 1848 júniusában Szerencspataki János álnéven megjelent röpiratában (Szózat az egyházi reform ügyében) nemcsak azt követelte, hogy a papok világi, magyaros ruhát viseljenek, hordhassanak szakállt és bajuszt (mint ő maga is tette), hanem a papi cölibátus, a káptalanok, sőt a szerzetesrendek eltörlését követelte, mert úgy vélte, hogy „ha a szaktanítás behozatik … nem leend többé tanító rendekre, hanem szakemberekre szükség”.
Ő maga is állami szakemberként képzelte jövőjét. 1848. június 13-án a Batthyány Lajos vezette minisztérium az egyetemi könyvtár III. segédőrévé, majd emellett november 2-án a budai szakgimnázium természetrajz tanárává nevezte ki. Eközben 1848 szeptemberében a honvédseregben harcolt Jellasics ellen. Mindezért Windischgrätz pesti bevonulása után, 1849 januárjában száműzték a fővárosból. Májusig, Pest visszavételéig Pólya József pesti orvos Rákos-menti kertjében húzta meg magát, majd ismét elfoglalta könyvtárőri állását. Július 4-én a honvédsereggel együtt hagyta el a várost. Egy hónapig Perczel Mór tartalék hadtestében szolgált élelmezési tisztként (talán hadnagyi rangban), majd a Lugos melletti Kricsón (Criciova) vállalt nevelői állást Orbók Ernő helyi birtokos két fia mellett. A szabadságharcot azonban alig két héttel élte túl. 1849. szeptember 2-án egy hirtelen meghűlés vitte a sírba. Kricsován temették el.