A kecskédi plébánia filiájából önállósult 1952-ben. 1993-ig a győri, 1993-tól a székesfehérvári püspökség területére esik.
Az örmény katolikus egyházi igazgatás már az örmény katolikus uniót követően kialakult. Oxendio Virziresco püspök halála után a Szentszék püspök helyett 1716-ban Budakovich Lázárt nevezte ki az erdélyi örmények apostoli vikáriusává „cum iure ordinandi”, erdélyi örmény főesperessé és szamosújvári plébánossá, aki 1721-ig viselte ezeket a tisztségeket. 1721-ben rövid ideig Jónás szebasztei örmény katolikus püspök volt Mártonffy György erdélyi római katolikus püspök suffraganeusa és örmény vikáriusa. Távozása után Theodorovich Mihály lett az örmény apostoli vikárius és az erdélyi örmény főesperes egészen 1760. január 3-ig. III. Károly király 1738-ban engedélyezte az erdélyi örmény püspök választását, azonban a Szentszék és az örmények nem tudtak megegyezni. Róma végül 1741. augusztus 28-án elfogadta azt a kérést, hogy a négy örmény plébániát az erdélyi római katolikus püspök kormányozza. Mária Terézia Theodorovich Mihályt 1758-ban kinevezte örmény püspöknek, de a kinevezés végrehajtását Dániel Tódor királyi örmény tanácsos nem tette lehetővé.
A szamosújvári örmény apostoli kormányzóságot a román konkordátummal alapították meg 1930. június 5-én, és közvetlenül a Szentszéknek rendelték alá. A kommunista időben nem ismerték el az önálló örmény kormányzóságot, 1951. december 27-én megszüntették, de a plébániák a gyulafehérvári római katolikus egyházmegye keretében továbbra is működhettek. Az örmény katolikus plébániákat Lengyel Zoltán apostoli kormányzó 1953. június 22-én adta át közigazgatásilag a gyulafehérvári római katolikus püspökségnek. A rendszerváltás után Bálint Lajos gyulafehérvári érsek kérésére a Szentszék 1991. június 13-án kinevezte dr. Jakubinyi György akkori segédpüspököt örmény apostoli kormányzónak, aki mindmáig képviseli az intézményt. Az örmény apostoli kormányóság ma is létezik egyházjogilag, államilag viszont – személyzet hiányában – nincs elismerve, így a négy örmény szertartású katolikus plébánia továbbra is a gyulafehérvári főegyházmegye keretében működik.